Rhizaria

Z Wikipedii, wolnej encyklopedii
Przejdź do nawigacji Przejdź do wyszukiwania
.mw-parser-output .takson-zwierzeta .naglowek{color:black!important;background:#d3d3a4!important}.mw-parser-output .takson-rosliny .naglowek{color:black!important;background:#90ee90!important}.mw-parser-output .takson-grzyby .naglowek{color:black!important;background:#add8e6!important}.mw-parser-output .takson-protozoa .naglowek{color:black!important;background:#f0e68c!important}.mw-parser-output .takson-chromalveolata .naglowek{color:black!important;background:#adff2f!important}.mw-parser-output .takson-excavata .naglowek{color:black!important;background:#f0e68c!important}.mw-parser-output .takson-amoebozoa .naglowek{color:black!important;background:#ffc8a0!important}.mw-parser-output .takson-opisthokonta .naglowek{color:black!important;background:#e0d0b0!important}.mw-parser-output .takson-sar .naglowek{color:black!important;background:Moccasin!important}.mw-parser-output .takson-bakterie .naglowek{color:black!important;background:#d3d3d3!important}.mw-parser-output .takson-archeony .naglowek{color:black!important;background:#f3e0e0!important}.mw-parser-output .takson-eukarionty .naglowek{color:black!important;background:#faf0e6!important}.mw-parser-output .takson-inne .naglowek{color:white!important;background:red!important}

Rhizaria – mający rangę infrakrólestwa takson głównie jednokomórkowych eukariontów z królestwa chromistów. Organizmy te żyją w akwenach i glebach na całym świecie (jako plankton, bentos lub edafon); są zazwyczaj cudzożywne, choć część z nich posiada też endosymbiotyczne glony, a niektóre wykształciły nawet chloroplasty; są również znane gatunki pasożytnicze. Zazwyczaj posiadają cienkie pseudopodia, mogą posiadać też wić. Większość z nich jest mikroskopijnych rozmiarów, jednakże istnieją też gatunki o średnicy kilku lub nawet kilkunastu centymetrów.

Szerokość geograficzna (ang. latitude, symbol φ) – jedna ze współrzędnych geograficznych, kąt pomiędzy półprostą poprowadzoną ze środka kuli ziemskiej i przechodzącą przez dany punkt na jej powierzchni a płaszczyzną równika.Sinice, cyjanofity, cyjanobakterie, cyjanoprokariota (Cyanobacteria) – gromada organizmów samożywnych, dawniej uznawanych za rośliny, według nowszej taksonomii zaliczanych do Procaryota (prokarioty, królestwo bakterii).

Rhizaria wywodzą się od prymitywnych glonów; grupa ta ma przynajmniej 650 mln lat, chociaż może być o ponad 100 mln lat starsza; u wielu z nich występuje jakaś forma szkieletu lub skorupy dzięki czemu odnajdywane są licznie w fanerozoicznych skamieniałościach. Stworzenie dla nich wspólnego taksonu nastąpiło dopiero niedawno – wcześniej różne ich linie rozwojowe traktowane były jako pierwotniaki, glony, grzyby, a nawet zwierzęta; w innych ujęciach systematycznych tworzą one supergrupę bądź nieposiadający rangi takson supergrupy Sar (równoważnej wtedy z podkrólestwem Harosa). Znanych jest kilkanaście tysięcy żyjących gatunków Rhizaria.

Organizm jednokomórkowy – organizm składający się z tylko jednej komórki. Podstawowe funkcje życiowe, tj. rozmnażanie, odżywianie, wydzielanie, wydalanie, oddychanie, a także transport i ruch, pełnią w tych organizmach specjalne struktury, znajdujące się wewnątrz komórki. Do organizmów jednokomórkowych należą:Drzewo filogenetyczne lub drzewo rodowe – graf acykliczny przedstawiający ewolucyjne zależności pomiędzy sekwencjami lub gatunkami wszystkich organizmów żywych, podobnie jak pokrewieństwo w rodzie ludzkim obrazuje drzewo genealogiczne.

Rozmnażanie następuje zazwyczaj bezpłciowo, choć zostały odnotowane przypadki rozmnażania płciowego lub sposobem (w pewnym sensie) mieszanym. Występują na całym świecie; odgrywają istotną rolę w regulowaniu globalnej liczebności bakterii, na które chętnie polują; mimo tak ważnej roli w ekosystemie nie były przez długi czas przedmiotem badań ludzi – głównie ze względu na niewielkie znaczenie gospodarcze i niewywoływanie chorób u człowieka.

Diploid (z gr. διπλος – podwójny) – komórka zawierająca po dwa chromosomy danego typu. Ta sama informacja jest przechowywana w dwóch miejscach, co ma znaczenie na przykład przy mutacjach.Konsument w biologii – organizm heterotroficzny, głównie zwierzę roślinożerne lub zwierzę drapieżne żywiące się roślinożercami (lub innymi, np. owadożernymi). Czasami do konsumentów zalicza się także detrytusożerców. Konsumenci stanowią w biocenozach jeden z trzech poziomów troficznych. Istnieje podział na konsumentów pierwszego (roślinożercy), drugiego i trzeciego rzędu (drapieżcy). Zwierzęta wszystkożerne mogą być zarówno konsumentami I, jak i II czy wyższych rzędów, w zależności od tego, czym się w danym momencie odżywiają.

Taksonomia i ewolucja[ | edytuj kod]

Historia taksonu[ | edytuj kod]

Niegdyś poszczególne grupy przedstawicieli Rhizaria były klasyfikowane jako protisty (głównie w obrębie typów Sarcodina i Flagellata). Nazwa Rhizaria nawiązuje do taksonu Rhizopodapodtypu zarodziowców, do którego należało wielu przedstawicieli Cercozoa oraz otwornice.

Haploid (gr. απλος ‘niezłożony, pojedynczy’) – komórka zawierająca tylko jeden zestaw chromosomów homologicznych (oznaczany jako n). Teoria endosymbiozy – teoria stanowiąca, że mitochondria, plastydy (jak chloroplasty) i być może inne organella komórki eukariotycznej powstały na skutek endosymbiozy pomiędzy różnymi mikroorganizmami. Zgodnie z nią niektóre organella pochodzą od wolno żyjących bakterii, które dostały się do innych komórek jako endosymbionty. Mitochondria rozwinęły się więc z proteobakterii (w szczególności zaś z Rickettsiales, kladu SAR11 lub ich bliskich krewnych), chloroplasty zaś od sinic.

Termin Rhizaria wprowadził dopiero brytyjski biolog Thomas Cavalier-Smith w 2002 r. w celu zdefiniowania grupy pierwotniaków charakteryzującej się korzeniastymi filo- bądź retikulopodiami; nadał jej wówczas rangę infrakrólestwa dzielącego się na cztery typy:

  • Apusozoa
  • Cercozoa
  • Retaria
  • Helioza (Centrohelida)
  • Definicja ta była raczej intuicyjna; głównym jej oparciem było stwierdzone rok wcześniej pokrewieństwo między przedstawicielami Foraminifera i Cercozoakladu nowo utworzonego na podstawie badań filogenetycznych, które dowiodły m.in. bliskiego pokrewieństwa chlorarachniofitów z Euglypha. Niedługo później, w związku z postępem badań, wykluczono z niej Apusozoa (obecnie przynależące do Obazoa) oraz Centrohelida (obecnie przynależące do Haptista) pozostawiając dwa typy:

    Morze – naturalny zbiornik wodny, część oceanu, mniej lub bardziej wyraźnie oddzielona od pozostałych jego części brzegami kontynentu, wyspami lub wzniesieniem dna. Ze względu na utrudnioną wymianę wód morza charakteryzują się indywidualnymi cechami, zbiór tych cech nazywa się ustrojem hydrologicznym. Kategoria systematyczna, kategoria taksonomiczna, ranga taksonomiczna – w systematyce organizmów, pozycja (ranga) taksonu w hierarchicznym systemie klasyfikacji biologicznej (układzie systematycznym) obejmująca dany takson oraz wszystkie zaliczane do niego taksony niższego poziomu.
  • Cercozoa (sensu lato)
  • Filosa (Cercozoa sensu stricto)
  • Endomyxa
  • Retaria
  • Foraminifera – otwornice
  • Radiozoa (Radiolaria) – promienice
  • W związku jednak z parafiletyzmem królestwa protistów oraz nowymi badaniami filogenetycznymi opartymi na genach aktynowych oraz SSU rDNA, Rhizaria szybko awansowały do nowo utworzonej rangi supergrupy. W wyniku wzrostu zainteresowania taksonem, w roku 2006 jego monofiletyzm nie ulegał już wątpliwościom, jednakże pokrewieństwa w jego obrębie wciąż pozostawały nierozstrzygnięte. Największe wątpliwości dotyczyły monofiletyzmu grup Endomyxa oraz Polycystinea, jak również przynależności taksonów Gromiida i Haplosporida, a także wzajemnego pokrewieństwa Radiozoa i Foraminifera (wspólnie określanych jako Retaria). Jedną z propozycji systematycznych w 2008 r. był podział na:

    Amplifikacja – proces, podczas którego dochodzi do zwielokrotniania liczby lub zwiększania ilości. W biologii molekularnej najczęściej termin ten jest stosowany w odniesieniu do powielania (namnażania) DNA w genomie. Zachodzi pod wpływem różnych hormonów. Z uwagi na swoją wybiórczość, pozwala na powielenie określonych genów i syntezę dużej ilości ich produktów. Naturalna amplifikacja DNA jest ważnym mechanizmem regulacyjnym, zwiększającym liczbę kopii danego genu i tym samym – ilość jego produktu. Jest to proces o dużym znaczeniu ewolucyjnym, gdyż dzięki obecności wielu kopii tego samego genu jedna z nich może ulec zmianom. Pipeta – sprzęt laboratoryjny – rurka szklana lub wykonana z tworzywa sztucznego, służąca do przenoszenia i odmierzania cieczy.
  • Cercozoa Nikolaev i inni, 2004
  • Euglyphida Copeland, 1956
  • Cercomonadida Poche, 1913 przywrócony przez Karpov i inni, 2006
  • Heteromitida Cavalier-Smith i Chao, 1996/1997
  • Cryomonadida Kuhn i inni, 2000
  • Ebriida Hoppenrath i Leander, 2006
  • Thaumatomonadida Cavalier-Smith i Chao, 2004
  • Chlorarachnea Cavalier-Smith, 1993
  • Desmothoracida Nikolaev i inni, 2004
  • Phaeodarea Polet i inni, 2004
  • Massisteria Atkins i inni, 2000
  • Gymnophrys Nikolaev i inni, 2003 r.
  • inne
  • Phytomyxea + Ascetosporea + Foraminifera + Gromiida + Corallomyxa
  • Phytomyxea Engler i Prantl, 1897
  • Plasmodiophorida Bulman i inni, 2001, 2006, 2007
  • Phagomyxida Bulman i inni, 2001
  • Ascetosporea Desportes i Ginsburger-Vogel, 1977
  • Haplosporida Flores i inni, 1996; Reece i inni, 2004
  • Paramyxida Berthe i inni, 2000
  • Foraminifera d’Orbigny, 1826
  • Gromiida Pawlowski i inni, 1994
  • Corallomyxa Tekle i inni, 2009
  • Radiozoa Cavalier-Smith i inni, 1987
  • Acantharea Amaral Zettler i Caron, 2000
  • Taxopodida Nikolaev i inni, 2004
  • Spumellarida Takahashi i inni, 2004
  • Nassellarida Kunitomo i inni, 2006
  • Collodaria Polet i inni 2004, Nikolaev i inni 2004
  • Przełomem okazały się badania wykonane przez Burkiego i innych w roku 2010 z użyciem EST pięciu gatunków Rhizaria, w wyniku których uzyskano dwa kladogramy potwierdzające hipotezę Retaria, lecz wciąż nie rozstrzygające o monofiletyzmie Endomyxa i ich miejscu w obrębie Rhizaria:

    Rozmnażanie, reprodukcja – właściwy wszystkim organizmom proces życiowy polegający na wytwarzaniu potomstwa przez organizmy rodzicielskie.Supergrupa – umowna kategoria systematyczna, wydzielona w pierwszych latach XXI wieku dla określenia najważniejszych linii rozwojowych eukariontów (Eukaryota). Tradycyjnie wśród eukariontów wydzielano 4 królestwa: protisty (Protista), rośliny (Plantae), grzyby (Fungi) i zwierzęta (Zoa). Protisty były traktowane różnorako – część z nich zaliczano czasem do pozostałych trzech królestw. Czasem protisty dzielono na trzy oddzielne grupy: pierwotniaki (Protozoa), protisty roślinopodobne i protisty grzybopodobne. Wszystkie te klasyfikacje nie uwzględniały jednak w sposób trafny (w świetle obecnej wiedzy) powiązań filogenetycznych w obrębie organizmów. Od kilku lat funkcjonuje podział organizmów na sześć supergrup:
    Pseudopodia
    Odmienna budowa nibynóżek (na zdjęciu) jest stosowana jako argument przeciwko włączaniu Endomyxa do Cercozoa.

    Z kolei w 2012 r. Sina Adl zaproponował podział następujący:

  • Cercozoa Cavalier-Smith, 1998 przywrócony przez Adl i inni, 2005
  • Cercomonadidae Kent, 1880 przywrócony przez Mylnikov i Karpov, 2004
  • Pansomonadida Vickerman, 2005
  • Glissomonadida Howe i Cavalier-Smith, 2009
  • Tremula Howe i inni, 2011
  • Metromonadea Cavalier-Smith, 2007 przywrócony przez Cavalier-Smith, 2011
  • Granofilosea Cavalier-Smith i Bass, 2009
  • Thecofilosea Cavalier-Smith, 2003 przywrócony przez Cavalier-Smith, 2011
  • Imbricatea Cavalier-Smith, 2011
  • Chlorarachniophyta Hibberd i Norris 1984
  • Vampyrellida West, 1901 przywrócony przez Hess i inni, 2012
  • Phytomyxea Engler i Prantl, 1897
  • Filoreta Bass i Cavalier-Smith, 2009
  • Gromia Dujardin, 1835
  • Ascetosporea Desportes i Ginsburger-Vogel, 1977 przywrócony przez Cavalier-Smith, 2009
  • Incertae sedis
  • Psammonobiotidae Golemansky, 1974 przywrócony przez Meisterfeld, 2002
  • Volutellidae Sudzuki, 1979
  • Retaria Cavalier-Smith, 2002
  • Foraminifera d’Orbigny, 1826
  • Acantharia Haeckel, 1881 przywrócony przez Mikrjukov, 2000
  • Polycystinea Ehrenberg, 1838 przywrócony przez Haeckel, 1887
  • Incertae sedis
  • Gymnosphaerida Poche, 1913 przywrócony przez Mikrjukov, 2000
  • Actinolophus, Biomyxa, Cholamonas, Dictiomyxa, Helkesimastix, Katabia, Myxodictyium, Penardia, Pontomyxa, Protomyxa, Protogenes, Pseudospora, Rhizoplasma, Sainouron, Wagnerella
  • Systematyka[ | edytuj kod]

     Zapoznaj się również z: Systematyka organizmów.

    Według klasyfikacji Ruggiero i innych z 2015 roku Rhizaria jest infrakrólestwem w ramach podkrólestwa Harosa, należącego do królestwa Chromistów w nadkrólestwie Eukariontów; dzieli się na 2 typy, 5 podtypów, 17 gromad i 62 rzędy, przy czym występują też nadgromady i podgromady. Poniższa tabela uwzględnia większość poprawek autorstwa Cavalier-Smitha z 2018 roku (m.in. zwiększenie liczby gromad do 18, rzędów – do 65) z wyjątkiem przeniesienia Endomyxa do Retaria, gdyż późniejsze badania raczej wykluczają tę opcję (Irwin i inni 2019):

    Zielenice (Chlorophyta) – parafiletyczna grupa jednokomórkowych (o strukturze wiciowcowej, kapsalnej i kokoidalnej) lub wielokomórkowych, samożywnych roślin występujących w wodach słodkich i słonych, rzadko w środowisku lądowym – wówczas są to higrofity lub symbionty. Należy tu ok. 9000 gatunków. Swą polską nazwę wzięły od dominującej barwy chlorofilu a i b, występują jednak w nich również karoteny (α-, β- i γ-) i ksantofile (luteina, zeaksantyna, wiolaksantyna, neoksantyna, astaksantyna). Jako substancja zapasowa wykorzystywana jest głównie skrobia, a u niektórych również inulina lub podobne do niej związki, sacharoza, maltoza lub erytrytol. W ścianie komórkowej znajduje się celuloza, a czasem również mannany i ksylany. Zielenice stanowią jedną z trzech linii rozwojowych roślin (obok glaukofitów i krasnorostów). Współcześnie dzielone są na dwie lub cztery równorzędne grupy (gromady). W rygorystycznych ujęciach taksonomicznych do zielenic zaliczane są także rośliny lądowe, przy czym dla takiego ujęcia stosuje się odrębną nazwę rośliny zielone. Termin zielenice oznacza w aktualnym ujęciu wszystkie linie rozwojowe roślin zielonych po wyłączeniu z nich roślin lądowych.Ostrygowate, ostrygi (Ostreidae) – rodzina osiadłych małży nitkoskrzelnych z rzędu Ostreoida, licząca około 100 gatunków, m.in. ostryga jadalna (Ostrea edulis), ostryżyca amerykańska (Crassostrea virginica) i ostryżyca japońska (Crassostrea gigas). Są uznawane za najcenniejsze mięczaki jadalne, poławiane i hodowane.

    Wyróżnia się ok. 350 rodzin w obrębie Rhizaria; Sina Adl oszacował liczbę żyjących gatunków na 18–28 tysięcy.

    Filogeneza[ | edytuj kod]

     Zapoznaj się również z: Drzewo filogenetyczne.
    Rhizaria są blisko spokrewnione z niektórymi grupami glonów.

    Przeprowadzone w 2018 r. (opublikowane w 2019 r.) przez Irwina i innych badania dostarczyły silnych dowodów na monofiletyzm Cercozoa, a kladogram Rhizaria prezentuje się obecnie w sposób następujący (położenie Sticholonche, jedynego rodzaju w obrębie Sticholonchia, jest oparte na pracy Krabberøda i innych z 2017 r.; gałąź grupy siostrzanej dla Filosa oparta jest na pracy Bassa i innych z 2018 r., choć nie zostały uwzględnione domniemane na podstawie badań środowiskowego DNA grupy zewnętrzne dla Skiomonadea a bliższe im niż jest NC12):

    Komórka eukariotyczna - komórka mająca jądro komórkowe ograniczone otoczką jądrową, zawierające DNA z histonami upakowane w chromosomy (eucyty mają zazwyczaj tylko jedno jądro, choć np. komórki mięśniowe czy megakariocyty mają wiele jąder, orzęski mają dwa różne jądra: mikro- i makronukleus, zaś czerwone krwinki ssaków i człony rurek sitowych roślin tracą w trakcie rozwoju jądra). Inną cechą odróżniającą komórki eukariotyczne od prokariotycznych (bakterie, archeony) jest wysoce skomplikowana struktura wewnętrzna. Eukarionty mają bowiem cytoszkielet, skomplikowany system organelli błonowych (retikulum endoplazmatyczne, aparat Golgiego itd.) i organelli półautonomicznych (mitochondria, chloroplasty). Komórki eukariotyczne mogą być samodzielnymi organizmami, tworzyć kolonie lub agregaty wielokomórkowe.Błona komórkowa, plazmolema, plazmolemma (cytolemma, plasmolemma) – półprzepuszczalna błona biologiczna oddzielająca wnętrze komórki od świata zewnętrznego. Jest ona złożona z dwóch warstw fosfolipidów oraz białek, z których niektóre są luźno związane z powierzchnią błony (białka peryferyjne), a inne przebijają błonę lub są w niej mocno osadzone białkowym lub niebiałkowym motywem (białka błonowe).

    Według innych badań (m.in. He i inni 2016, Krabberød i inni 2017 oraz Cavalier-Smith i inni 2018) Radiozoa (Acantharea + Polycystinea) jest kladem, a Endomyxa nie należą do Cercozoa, lecz stanowią grupę najbardziej zewnętrzną (lub kilka takich grup – jest to wtedy takson parafiletyczny) w obrębie Retaria.

    Wić – (łac. flagellum, l.mn. flagella), organellum ruchu wyrastające z powierzchni komórki u niektórych mikroorganizmów, bakterii, pierwotniaków, niższych roślin i komórek zwierząt, np. u wiciowców, młodocianych korzenionóżek, promienionóżek, komórek kołnierzykowo-biczykowatych gąbek, plemników.Ostatni wspólny przodek — ostatni organizm, od którego pochodzą wszystkie organizmy z danej grupy (kladu). Z części jego bezpośredniego potomstwa wywodzą się niektóre z tych organizmów, z innej części pozostałe.

    Od 2007 roku Rhizaria zaliczane są do grupy Sar (od 2009 roku części chromistów):

    Powyższy kladogram został przedstawiony przez Cavalier-Smitha i innych w roku 2015, podobne wyniki (z różnicami w terminologii) otrzymali He i inni w 2014 roku; w niektórych alternatywnych kladogramach, które przedstawili m.in. Derelle i inni (2015), Ren i inni (2016), He i inni (2016) oraz Krabberød i inni (2017), Hacrobia mogą być całkowicie lub częściowo grupowane z Plantae, a nieprzedstawione tutaj grupy zewnętrzne dla Neokaryota mogą być łączone w Discoba/Excavata jako grupa siostrzana dla Corticata, co czyni Scotokaryota kladem bazalnym jądrowców, gdyż Neokaryota połączone z Discoba/Excavata jest równoważne z Eukaryota; badania, które przedstawili He i inni w 2016 r. podważają monofiletyzm Halvaria, grupując Alveolata z Rhizaria (zamiast Heterokonta); w różnych pracach Neokaryota, Scotokaryota, Corticata, Plantae i Harosa mogą pojawiać się pod synonimicznymi nazwami.

    Plazmodium, śluźnia – wielojądrowa masa protoplazmatyczna (komórczak) wykazująca zdolność pełzakowatego ruchu po podłożu. Różne postacie plazmodiów występują u odmiennych grup organizmów o budowie ameboidalnej – u śluzowców (Amoebozoa) i ameb Vampyrellida (Rhizaria). Śluzowce dikcjosteliowe wytwarzają pseudoplazmodia (nibyśluźnie) o zupełnie innej budowie, z zachowaną autonomią poszczególnych komórek, a podobne twory powstające przez złączenie wolnych komórek wytwarzają myksobakterie.Plezjomorfia, cecha plezjomorficzna – cecha występująca u przedstawicieli danej linii ewolucyjnej obecna również u jej przodków, będąca przeciwieństwem apomorfii. Plezjomorfia występująca w kilku liniach ewolucyjnych nazywana jest symplezjomorfią. Według ściśle kladystycznego podejścia do przetestowania hipotezy filogenetycznej wykorzystać można jedynie apomorfie (a wśród nich tylko synapomorfie). Mark Wilkinson stwierdził, że w niektórych przypadkach również plezjomorfie mogą wskazywać na monofiletyczny charakter taksonów, jednak poglądu tego nie podziela większość naukowców. Koncepcja plezjomorfii została wprowadzona przez Williego Henniga w pracy Grundzüge einer Theorie der Phylogenetischen Systematik z 1950 roku. Początkowo termin ten odnosił się nie do cech, lecz do taksonów. Hennig wspomniał jednak, że w przypadku „krzyżowań specjalizacji” dotyczy on wyłącznie cech. Przypisano go do cech w 1952 roku, tym samym umożliwiając po raz pierwszy zrekonstruowanie powiązań filogenetycznych.

    Metody badawcze i trudności; genetyka[ | edytuj kod]

     Zapoznaj się również z: Filogenetyka molekularna.

    W celu przeprowadzenia badań nad Rhizaria próbki pobiera się z gleby (gatunki edafoniczne), osadu (gatunki bentoniczne) lub na głębokości do kilkuset metrów zazwyczaj przy pomocy siatki planktonowej (gatunki planktoniczne). Następnie próbki przeniesione zostają do laboratorium i spreparowaneorganizmy zostają oddzielone za pomocą igiełek lub szklanych mikropipet, umyte i zamrożone po uprzednim odfiltrowaniu wody morskiej, mogą też zostać wcześniej inkubowane w wodzie o odpowiedniej dla nich temperaturze. Przy pasożytach z gromady Phytomyxea stosowana jest hodowla kalusu in vitro, a następnie jego sterylizacja.

    Obserwacja - jedna z podstawowych metod badawczych w naukach społecznych, stosowana przede wszystkim w socjologii, etnologii, antropologii i psychologii. Istnieje wiele metod obserwacyjnych różniących się przede wszystkim stopniem ingerencji obserwatora w obserwowane sytuacje, sposobami rejestracji i analizy oraz czasem trwania.Obieg węgla w przyrodzie – biologiczne, chemiczne i fizyczne procesy zachodzące na Ziemi, w wyniku których następuje ciągły cykl wymiany węgla znajdującego się w atmosferze, w wodzie, organizmach żywych ich szczątkach oraz w skorupie ziemskiej.

    Kolejnym krokiem jest przygotowanie cDNA potrzebnego do badań na przykład poprzez jego syntezę z użyciem RNA, amplifikację, fragmentację przy pomocy fal dźwiękowych, ligację i ponowną amplifikację gotowej próbki. W przypadku pasożytów roślin eliminuje się kontigi przypominające cDNA żywiciela. Bada się też rDNA.

    Ziemniak, kartofel, psianka ziemniak (Solanum tuberosum L.) – gatunek byliny należący do rodziny psiankowatych. Nazwa ”ziemniak” odnosi się zarówno do całej rośliny, jak i do jej jadalnych, bogatych w skrobię bulw pędowych, z powodu których gatunek jest uprawiany na masową skalę. Roślina wywodzi się z Andów, gdzie udomowiono ją ok. 8 tysięcy lat temu. Ziemniak został przywieziony do Europy w końcu XVI wieku, w ciągu następnych stuleci stał się integralną częścią wielu kuchni z całego świata. Obecnie jest czwartą pod względem produkcji rośliną uprawną (po pszenicy, ryżu i kukurydzy).Biologia (z gr. βίος (bios) - życie i λόγος (logos) - słowo, nauka) – nauka przyrodnicza zajmująca się badaniem życia i organizmów żywych.

    Obiektem zainteresowania naukowców są również białka i geny odpowiadające za ich syntezę; są to m.in. aktyna (białko występujące u wszystkich Rhizaria, pozwalające na ustalenie pokrewieństw w obrębie całej grupy, odgrywające istotną rolę w określeniu miejsca Endomyxa w drzewie filogenetycznym zależnie od tego, czy nastąpiła u nich – jak u Retaria – jej duplikacja, czy też nie), tubulina (istotna szczególnie przy określaniu pokrewieństw w obrębie Retaria), kompleks Arp2/3 (w ramach którego część genów uległa duplikacji u chlorarachniofitów), miozyny (z których miozyna XXXVII jest synapomorfią Rhizaria), białko rybosomalne L10a (które u wielu Rhizaria posiada specyficzną insercję niegdyś uważaną za potencjalną synapomorfię), poliubikwityna (posiadająca u wszystkich Rhizaria z wyjątkiem niektórych Radiozoa charakterystyczną insercję) oraz polimeraza RNA II.

    Wiciowce (łac. Mastigota, Flagellata, Mastigophora) - pierwotniaki, zazwyczaj jednojądrowe haplonty. Poruszają się przy pomocy wici, rozmnażają się przez podział podłużny (bezpłciowo). Heterotrofy, niektóre z nich posiadają zdolności autotroficzne (więc są miksotrofami).Aktyna – kurczliwe białko budujące filamenty cienkie miofibryli oraz mikrofilamenty. Wraz z miozyną tworzy aktomiozynę. Występuje w dwóch postaciach:

    Analizę filogenomiczną przeprowadza się przy pomocy programów takich jak RAxML, PhyML, PhyloBayes, MrBayes czy Treefinder.

    Głównymi powodami słabego poznania tej grupy są:

  • Brak znanych pasożytów ludzkich oraz niewielkie znaczenie gospodarcze;
  • Ogromne zróżnicowanie, (praktycznie) brak synapomorfii, fałszywe podobieństwa w obrębie grupy;
  • Wykształcenie się cech analogicznych wobec innych grup na skutek konwergencji np. chloroplastów u Chlorarachnea, które prowadziły do błędnego skojarzenia Rhizaria z obecnie wątpliwym kladem Excavata, z którym łączone bywały w grupę Cabozoa.
  • Mikroskopijność i brak zapisu kopalnego wielu grup;
  • Trudności w hodowli;
  • Szybkie tempo ewolucji organizmów z grupy Retaria;
  • Duże zróżnicowane genetycznie.
  • Skutkiem takiej specyfiki obecnie dostępne są tylko dwa genomy (należące do Bigelowiella natans i Reticulomyxa filosa) z grupy Rhizaria – najmniej wśród wszystkich głównych linii rozwojowych jądrowców.

    Kolconóżki (Acantharia) – rząd pierwotniaków należących do podgromady promienionóżek. Posiadają ok. 20 dość długich igieł, które rozchodzą się promieniście ze środka komórki, wyrastając z niej na zewnątrz. Igły u niektórych z nich zbudowane są z siarczanu strontu, u innych – z krzemianu wapnia i glinu.Cytoplazma – część protoplazmy komórki eukariotycznej pozostająca poza jądrem komórkowym a w przypadku, z definicji nie posiadających jądra, komórek prokariotycznych – cała protoplazma.

    Ewolucja[ | edytuj kod]

     Zapoznaj się również z: Teoria ewolucji.

    Zapis kopalny[ | edytuj kod]

    Formacja skalna złożona z otwornic (Alpy Bawarskie, Niemcy)

    Przedstawiciele niektórych grup Rhizaria, w przeciwieństwie do większości protistów, posiadają twarde skorupki, szkielety i tym podobne, dzięki czemu pozostały po nich skamieniałości. Jedne z najstarszych takich szczątków zostały odnalezione w prekambryjskich skałach na Alasce należących do tzw. grupy Tindir; datuje się je na późny ton – przed około 740 mln laty, co koresponduje z przypuszczeniem, że Rhizaria odgrywały ważną rolę już w Ediakarze – zgodnie z tą hipotezą miałyby one być odpowiedzialne za obecność 24-izopropylocholestanu i 26-metylostygmastanu, uważanych do niedawna za niekwestionowany znak obecności zwierząt na początku tego okresu – oraz z badaniami przeprowadzonymi przez Lentona i innych, które określają wiek Rhizaria na 760 mln lat. Pierwsze pewne znalezisko datowane jest dopiero na wczesny kambr, około 535 mln lat temu; jest to przedstawiciel otwornic. Prócz tego w skamieniałościach zachowały się inne posiadające twarde części ciała organizmy: fanerozoiczne Retaria (m.in. promienice), postpaleozoiczne Phaeodaria oraz niektóre kenozoiczne gatunki Ebriida.

    Parch prószysty ziemniaka (Spongospora subterranea (Wallr.) Lagerhn f. sp. subterranea Tomlinson) – choroba grzybowa ziemniaka.Synonim w taksonomii (skrót syn.) – nierównoważne określenia odnoszące się do tego samego taksonu. Wyróżnia się synonimy nomenklatoryczne (homotypowe) i taksonomiczne (heterotypowe). Taksony opisane synonimami pierwszego rodzaju oparte są na tym samym typie nomenklatorycznym. Zgodnie z międzynarodowymi kodeksami nomenklatorycznymi tylko jedna nazwa może być ważna, tj. zgodna z tymi przepisami. W sytuacji, gdy dwie lub więcej nazw opisują ten sam takson, ustalana jest nazwa ważna (pierwsza prawidłowo opisana), pozostałe stają się synonimami nomenklatorycznymi. Synonimy taksonomiczne powstają, gdy w wyniku rozwoju wiedzy, pewne taksony są dzielone, łączone lub przenoszone. Nazwy określane jako synonimy taksonomiczne odnoszą się do taksonów posiadających różne typy nomenklatoryczne i stają się synonimami w wyniku taksonomicznego osądu.

    Pochodzenie i wczesna ewolucja[ | edytuj kod]

    Ostatni wspólny przodek Rhizaria i siostrzanego kladu Halvaria (lub samych Alveolata przy założeniu parafiletyzmu Halvaria) był drobnym, nieopancerzonym, jednokomórkowym eukariontem, elementem planktonu; prawdopodobnie posiadał wić, rzęski, pęcherzyki, włoski oraz chloroplasty pochodzące od endosymbiotycznych krasnorostów. Wczesne Rhizaria stały się bentonicznymi fagotrofami (heterotrofami pozyskującymi składniki odżwcze na drodze fagocytozy); taka zmiana środowiskowa doprowadziła do wykształcenia się u nich filopodiów oraz całkowitej utraty chloroplastów; ich cytoszkielet również uległ znacznym zmianom; utraciły też włoski.

    Fala akustyczna – rozchodzące się w ośrodku zaburzenie gęstości (i ciśnienia) w postaci fali podłużnej, któremu towarzyszą drgania cząsteczek ośrodka. Ośrodki, w których mogą się poruszać, to ośrodki sprężyste (ciało stałe, ciecz, gaz). Zaburzenia te polegają na przenoszeniu energii mechanicznej przez drgające cząstki ośrodka (zgęszczenia i rozrzedzenia) bez zmiany ich średniego położenia.Preparat – zakonserwowany organizm lub jego część. Sporządza się go w celu przechowywania materiału biologicznego w stanie możliwie mało zmienionym.

    Dalsze podziały[ | edytuj kod]

    Około 650–620 mln lat temu nastąpił rozdział na dwie odrębne grupy – drobnych wiciowców szybujących między ziarnami piasku i pozyskujących swoje bakteryjne pożywienie przy pomocy filopodiów, które dały początek Cercozoa, oraz większych, posiadających retikulopodia bezwiciowych form – wczesnych Retaria.

    Laboratorium – pomieszczenie przeznaczone do przeprowadzania badań naukowych lub analiz lekarskich. Wyposażone w odpowiedni do tego celu sprzęt. Laboratorium postrzegane nie jako pomieszenie, lecz jako jednostka organizacyjna jest zespołem złożonym z ludzi, pomieszczenia i sprzętu.Excavata – takson eukariotów o kategorii supergrupy. Obejmuje wyłącznie jednokomórkowe protisty, w większości heterotroficzne wiciowce, wśród nich chorobotwórcze. Niektórzy jej przedstawiciele drogą wtórnej endosymbiozy zdobyli chloroplasty. Inni mają silnie zmodyfikowane mitochondria i żyją w środowiskach beztlenowych, np. wewnątrz jelit. Niektóre tworzą agregacje komórek przypominające śluzowce.

    Z czasem u Cercozoa plezjomorficzne pęcherzyki zanikły całkowicie, zwiększając powierzchnię, na której mogłyby wyrastać nibynóżki, tymczasem w kontekście Retaria spekuluje się, że występująca u wielu promienic membranowa otoczka oddzielająca wewnętrzną, zawierającą najważniejsze organella część cytoplazmy od zewnętrznej – dziś spełniająca głównie funkcje ochronną i rusztowaniową – może być ich formą szczątkową powstałą poprzez utwardzenie ich powierzchni. Większość Cercozoa nie pozostawia po sobie skamieniałości; wiadomo jednak, że ich ewolucja przebiegała w kierunku zmniejszania się rozmiarów i adaptacji do polowania na bakterie, choć, co ciekawe, część z nich – Chlorarachnea – wykształciło chloroplasty z endosymbiotycznych zielenic, podczas gdy te z rodzaju Paulinella zrobiły to poprzez uwięzienie cyjanobakterii. Ewolucja Retaria przebiegała szybciej i w kierunku wprost przeciwnym – stawały się coraz większe, a glony były dla nich pożywieniem bądź endosymbiontami; w stosunkowo krótkim czasie wiele z nich wykształciło jakąś formę szkieletu. Niektóre Cercozoa – Endomyxa – na skutek konwergencji upodobniły się w dużej mierze do Retaria (niektóre badania wskazują na to, że mogą one nawet do tej grupy przynależeć); podobnie inna grupa – Phaeodaria – znacznie upodobniła się w budowie do promienic (uważano dawniej, że do nich przynależy).

    Komórczak (albo polienergida) – pojedyncza, zwykle bardzo duża komórka posiadająca wiele jąder komórkowych. W ten sposób zbudowane jest wiele organizmów np. niektóre glony z grupy zielenic i grzyby oraz śluzowce, a także niektórzy przedstawiciele pierwotniaków.Integrated Taxonomic Information System (ITIS) – system zaprojektowany do dostarczania informacji taksonomicznych o organizmach. Został utworzony w 1996 r. System jest wspierany przez agencje rządowe Stanów Zjednoczonych Ameryki, Kanady i Meksyku. Współpracuje z taksonomami z całego świata. Jest partnerem Species 2000 i Global Biodiversity Information Facility (GBIF). Współuczestniczy w realizacji międzynarodowego programu Katalog Życia (Catalogue of Life Programme).

    Występowanie[ | edytuj kod]

    Mapa ukazująca rozpowszechnienie Rhizaria na świecie
    Rozpowszechnienie wodnych gatunków Rhizaria na kuli ziemskiej (rejony podbiegunowe nieuwzlędnione)

    Żyją w różnorakich zbiornikach wodnych – głównie morzach i oceanach jako element planktonu (głównie Cercozoa i Radiozoa) oraz bentosu (m.in. Foraminifera), ale też w wodach słodkich – i na ich wybrzeżach na całym świecie – nawet w rejonach podbiegunowych, co jest zgodne z przypuszczeniem, że przetrwały one dwa wielkie zlodowacenia kriogeńskie; występują licznie również w glebach jako element edafonu (także gatunki pasożytnicze); innymi słowy: żyją wszędzie i w każdym środowisku. Generalnie w niższych szerokościach geograficznych dominują gatunki miksotroficzne, zaś im bliżej biegunów, tym więcej gatunków stricte heterotroficznych; rozmieszczenie ulega zmianom w zależności od pory roku, zwłaszcza w rejonach podbiegunowych. Nie ma ścisłych reguł dotyczących głębokości występowania – wiele planktonicznych gatunków ma szeroki ich zakres; u niektórych grup stwierdzono tendencję osobników młodocianych do trzymania się bliżej powierzchni. Mimo tej różnorodności, statystycznie większość z nich preferuje ciepłe wody morskie i oceaniczne oraz głębokości do 100m.

    Filogenetyka molekularna, zwana też klasyfikacją molekularną lub systematyką molekularną – rodzaj systematyki filogenetycznej, w której klasyfikację organizmów przeprowadza się na podstawie stopnia pokrewności określonej na podstawie badań struktur DNA, RNA i białek.Wapień – skała osadowa (chemogeniczna lub organogeniczna) zbudowana głównie z węglanu wapnia, przede wszystkim w postaci kalcytu.


    Podstrony: 1 [2] [3] [4] [5]




    Warto wiedzieć że... beta

    Mikroorganizm (gr. μικρός, mikrós – mały, ὀργανισμός, organismós – organizm), drobnoustrój, mikrob – organizm obserwowany dopiero pod mikroskopem. Pojęcie to nie jest zbyt precyzyjne, lecz z pewnością mikroorganizmami są bakterie, archeony, pierwotniaki i niektóre grzyby. Najprecyzyjniej grupa ta definiowana jest jako ogół organizmów jednokomórkowych, dlatego nie można terminu tego stosować do bardzo małych przedstawicieli różnych grup zwierząt, takich jak np. nicienie, wrotki, roztocza, niesporczaki, owady itd.
    Endosymbioza – specyficzny rodzaj symbiozy, w którym komórki jednego organizmu żyją wewnątrz komórek lub tkanek drugiego.
    Biegun geograficzny – jeden z dwóch punktów na powierzchni obracającego się ciała niebieskiego, przez które przechodzi oś obrotu danego ciała. Punkty te są jednocześnie najbardziej oddalone od równika, zbiegają się w nich wszystkie południki, a równoleżniki mają wartość 90°.
    Człowiek rozumny (Homo sapiens) – gatunek ssaka z rodziny człowiekowatych (Hominidae), jedyny występujący współcześnie przedstawiciel rodzaju Homo. Występuje na wszystkich kontynentach.
    Gleba, pedosfera – biologicznie czynna powierzchniowa (do 2 m miąższości) warstwa skorupy ziemskiej, powstała w procesie glebotwórczym ze skały macierzystej pod wpływem czynników glebotwórczych. Gleba składa się z części mineralnej i organicznej. Częścią gleby są organizmy glebowe.
    Gospodarka – całokształt działalności gospodarczej prowadzonej w danym regionie (gospodarka regionalna), kraju (gospodarka narodowa) lub na całym świecie (gospodarka światowa). Działalność ta polega na wytwarzaniu dóbr i świadczeniu usług zgodnie z potrzebami ludności. Najprostszy podział gospodarki wyróżnia trzy sektory: usługi, przemysł, rolnictwo.
    Akwakultura – forma gospodarki ludzkiej, mająca na celu zwiększenie pozyskiwania żywności (rzadziej innych produktów) ze środowiska wodnego; polega na hodowli wybranych rodzajów organizmów wodnych, głównie zwierzęcych, w naturalnych lub sztucznych zbiornikach wodnych – słodko- lub słonowodnych. Najprostszą i najpospolitszą odmianą akwakultury jest zapewnienie korzystnych warunków do bytowania licznym przedstawicielom danego gatunku użytkowego (ryb, mięczaków i in.) w mniej lub bardziej wydzielonej części akwenu. Bardziej intensywną formą jest hodowla w stawach, basenach lub wielkich, zanurzonych w wodzie pojemnikach (sadzach). W takich przypadkach stosuje się dokarmianie, zapewnia, o ile to konieczne, odpowiedni przepływ wody czy natlenianie, ochronę przed drapieżnikami i chorobami, a nawet podgrzewanie wody (np. próby hodowli ryb w basenach z wodą geotermalną) itp. W przypadku organizmów osiadłych (np. glony, ostrygi) zabiegi hodowlane polegają głównie na zwiększeniu powierzchni, na której mogłyby się osiedlać, przez układanie na dnie odpowiednich przedmiotów, np. zużytych opon samochodowych, zawieszanie sieci, sznurów, itp.

    Reklama