Kinom

Z Wikipedii, wolnej encyklopedii
Przejdź do nawigacji Przejdź do wyszukiwania

W biologii molekularnej, kinom organizmu to zestaw (genów dla) kinaz białkowych w jego genomie. Kinazy białkowe są grupą enzymów katalizujących reakcje fosforylacji reszt aminokwasowych białek. Kinazy dzielą się na podgrupy i rodziny, np. w zależności od substratu, którym może być reszta serynowa (kinazy serynowe), reszta treoninowa (kinazy treoninowe) lub obie reszty aminokwasowe (kinazy serynowo-treoninowe, np. należące do rodzin MAP2K i GSK). Termin "kinom" został użyty po raz pierwszy w 2002 roku przez Gerarda Manninga i wsp. w dwóch pracach opisujących 518 ludzkich kinaz białkowych i przebieg ewolucji kinaz białkowych u eukariontów. Opisano również kinom ryżu, różnych grzybów, nicieni, owadów, jeżowców i śluzowca Dictyostelium.

Gen (gr. γένος – ród, pochodzenie) – podstawowa jednostka dziedziczności determinująca powstanie jednej cząsteczki białka lub kwasu rybonukleinowego zapisana w sekwencji nukleotydów kwasu deoksyrybonukleinowego.PMID (ang. PubMed Identifier, PubMed Unique Identifier) – unikatowy identyfikator przypisany do każdego artykułu naukowego bazy PubMed.

Ponieważ kinazy są istotnym celem projektowanych leków jako enzymy kontrolujące funkcje komórki, kinom jest badany na dużą skalę metodami genomiki funkcjonalnej, z udziałem RNAi i pod kątem działań niektórych leków, zwłaszcza chemioterapeutyków stosowanych w leczeniu nowotworów.

Enzymy – wielkocząsteczkowe, w większości białkowe, katalizatory przyspieszające specyficzne reakcje chemiczne poprzez obniżenie ich energii aktywacji.Genom – materiał genetyczny zawarty w podstawowym (haploidalnym) zespole chromosomów. Termin mylony jest z genotypem, czyli całością informacji genetycznej zawartej w chromosomach organizmu.

U zwierząt kinom zawiera tylko kinazy fosforylujące wyłącznie reszty tyrozynowe (kinazy tyrozynowe), kinazy działające na reszty serynowe lub treoninowe, i kilka klas (takich jak GSK3 i MAP2K) kinaz serynowo-treoninowych.

Przypisy[ | edytuj kod]

  1. Manning G, Whyte DB, Martinez R, Hunter T, Sudarsanam S. The protein kinase complement of the human genome.. „Science”. 298. 5600, s. 1912-34, 2002. DOI: 10.1126/science.1075762. PMID: 12471243. 
  2. Manning G, Plowman GD, Hunter T, Sudarsanam S. Evolution of protein kinase signaling from yeast to man. „Trends Biochem Sci”. 27. 10, s. 514-20, 2002. PMID: 12368087. 
  3. Dardick C, Chen J, Richter T, Ouyang S, Ronald P. The rice kinase database. A phylogenomic database for the rice kinome. „Plant Physiol”. 143. 2, s. 579-86, 2007. DOI: 10.1104/pp.106.087270. PMID: 17172291. 
  4. Bradham CA, Foltz KR, Beane WS, Arnone MI, Rizzo F, Coffman JA, Mushegian A, Goel M, Morales J, Geneviere AM, Lapraz F, Robertson AJ, Kelkar H, Loza-Coll M, Townley IK, Raisch M, Roux MM, Lepage T, Gache C, McClay DR, Manning G. The sea urchin kinome: a first look. „Dev Biol”. 300. 1, s. 180-93, 2006. DOI: 10.1016/j.ydbio.2006.08.074. PMID: 17027740. 
  5. Goldberg JM, Manning G, Liu A, Fey P, Pilcher KE, Xu Y, Smith JL. The dictyostelium kinome--analysis of the protein kinases from a simple model organism. „PLoS Genet”. 2. 3, s. e38, 2006. DOI: 10.1371/journal.pgen.0020038. PMID: 16596165. 
  6. Workman P. Drugging the cancer kinome: progress and challenges in developing personalized molecular cancer therapeutics. „Cold Spring Harb Symp Quant Biol”. 70, s. 499-515, 2006. DOI: 10.1101/sqb.2005.70.020. PMID: 16869789. 

Linki zewnętrzne[ | edytuj kod]

  • Kinome site
  • KinBase
  • The Human Kinome diagram
  • Rice Kinome Database
  • Fosforylacja – reakcja przyłączenia reszty fosforanowej do nukleofilowego atomu dowolnego związku chemicznego. Zazwyczaj fosforylowane są grupy hydroksylowe (estryfikacja alkoholi) lub aminowe (tworzenie amidów). Przeciwieństwem fosforylacji jest defosforylacja.Biologia molekularna – nauka podstawowa zajmująca się biologią na poziomie molekularnym. Bada, w jaki sposób funkcjonowanie organizmów żywych uwarunkowane jest właściwościami budujących je cząsteczek, a zwłaszcza biopolimerów, jakimi są kwasy nukleinowe i białka. Zazębia się ona z takimi dziedzinami wiedzy jak genetyka, biochemia, biofizyka czy cytologia.




    Warto wiedzieć że... beta

    Nowotwór (łac. neoplasma, skrót npl – z greckiego neoplasia) – grupa chorób, w których komórki organizmu dzielą się w sposób niekontrolowany przez organizm, a nowo powstałe komórki nowotworowe nie różnicują się w typowe komórki tkanki. Utrata kontroli nad podziałami jest związana z mutacjami genów kodujących białka uczestniczące w cyklu komórkowym: protoonkogenów i antyonkogenów. Mutacje te powodują, że komórka wcale lub niewłaściwie reaguje na sygnały z organizmu. Powstanie nowotworu złośliwego wymaga kilku mutacji, stąd długi, ale najczęściej bezobjawowy okres rozwoju choroby. U osób z rodzinną skłonnością do nowotworów część tych mutacji jest dziedziczona.
    Śluzowce (Myxomycota) zwane też śluzoroślami (Eumycetozoa) – grupa (ok. kilkuset gatunków) organizmów eukariotycznych należąca do Amoebozoa, dawniej zaliczana do grzybów, potem do protistów grzybopodobnych (wraz z lęgniowcami). Z przyczyn historycznych w podręcznikach traktowana jako klasa roślin zarodnikowych, a w szczególności grzybów. Jednak bliższa jest typowo zwierzęcym Protista (pierwotniakom). Wskazuje na to występowanie form ruchomych (myksoameb i myksopełzaków oraz odżywianie się poprzez fagocytozę), dlatego włączane są do supergrupy Amoebozoa, z wyjątkiem łańcuszkorośli (Acrasiomycota=Heterolobosea=Percolozoa), które zalicza się do supergrupy Excavata oraz plazmodioforowców, zaliczanych niegdyś również do glonowców, obecnie do supergrupy Rhizaria.
    Seryna (kwas α-amino-β-hydroksypropionowy, skróty: Ser lub S) – organiczny związek chemiczny, endogenny aminokwas kodowany (biogenny), wchodzi w skład białek, takich, jak np. kazeina w mleku czy fibroina jedwabiu. Jest obojętna elektrycznie. Niezbędna w diecie człowieka, pełni ważną funkcję w trawieniu białek jako składnik proteaz serynowych. Dekarboksylacja seryny prowadzi do powstania kolaminy.
    Grzyby (Fungi Juss.) R. T. Moore – królestwo należące do domeny jądrowców (Eucaryota). Dawniej, w zależności od ujęcia systematycznego takson ten miał rangę podkrólestwa (Fungi R.T. Moore, 1971), podtypu, (Fungi Engl. 1889) i klasy (Fungi Bartling, 1830).
    Treonina (Thr lub T, kwas α-amino-β-hydroksymasłowy) − organiczny związek chemiczny, obojętny elektrycznie aminokwas. Stereoizomer L jest jednym z 20 podstawowych aminokwasów białkowych. Należy do aminokwasów niezbędnych (nie może być syntetyzowany w organizmie człowieka i musi być dostarczany z pożywieniem). Treonina jest aminokwasem optycznie czynnym posiadającym drugi asymetryczny atom węgla obok węgla α. Produkty o dużej zawartości treoniny to twaróg, drób, ryby, mięso, soczewica, i ziarno sezamowe.
    DOI (ang. digital object identifier – cyfrowy identyfikator dokumentu elektronicznego) – identyfikator dokumentu elektronicznego, który w odróżnieniu od identyfikatorów URL nie zależy od fizycznej lokalizacji dokumentu, lecz jest do niego na stałe przypisany.
    Aminokwasy – organiczne związki chemiczne zawierające zasadową grupę aminową -NH2 oraz kwasową grupę karboksylową -COOH lub – w ujęciu ogólniejszym – dowolną grupę kwasową, np. sulfonową -SO3H. Aminokwasy są tzw. solami wewnętrznymi (amfolitami).

    Reklama