• Artykuły
  • Forum
  • Ciekawostki
  • Encyklopedia

    • Transkryptom

    Przeczytaj także...
    Proteom (z ang. protein component of the genome) – zestaw białek występujących w komórce, białkowy odpowiednik genomu. Termin ten po raz pierwszy został użyty w roku 1995 przez Valerie C. Wasinger. Badaniem proteomów zajmuje się proteomika. W przeciwieństwie do genomów, proteomy nieustannie zmieniają się w odpowiedzi na różne czynniki.mRNA, matrycowy (informacyjny, przekaźnikowy) RNA (z ang. messenger RNA) – rodzaj kwasu rybonukleinowego (RNA), którego funkcją jest przenoszenie informacji genetycznej o sekwencji poszczególnych polipeptydów z genów do aparatu translacyjnego.
    Proteomika – gałąź nauki zajmująca się badaniem białek – ich struktury, sprawowanych przez nie funkcji i zależności między nimi.

    Transkryptom (z połączenia słów transkrypt i genom) jest to zestaw cząsteczek mRNA (lub ogólniej: transkryptów) obecny w określonym momencie w komórce, grupie komórek lub organizmie. Transkryptom w przeciwieństwie do genomu jest tworem bardzo dynamicznym. Komórki w odpowiedzi na różne czynniki uruchamiają i wyłączają transkrypcję genów, zmieniając w ten sposób swój transkryptom. Często już kilka minut po zadziałaniu jakiegoś czynnika (np. stresu) na komórki można obserwować powstawanie transkryptów genów reakcji na ten czynnik.

    PMID (ang. PubMed Identifier, PubMed Unique Identifier) – unikatowy identyfikator przypisany do każdego artykułu naukowego bazy PubMed.Genom – materiał genetyczny zawarty w podstawowym (haploidalnym) zespole chromosomów. Termin mylony jest z genotypem, czyli całością informacji genetycznej zawartej w chromosomach organizmu.

    Badaniami transkryptomu zajmuje się dziedzina nauki nazywana transkryptomiką (przez analogię do genomiki czy proteomiki). Badania transkryptomiczne najczęściej służą określaniu poziomu ekspresji genów - ilości ich transkryptów w komórkach. Do badań tych wykorzystuje się techniki pozwalające na wykrywanie i ocenianie ilości różnych typów cząsteczek RNA, pochodzących z różnych genów, np. mikromacierze DNA. Poziom ekspresji genów może być mierzony wieloma metodami.

    Transkryptomika - dziedzina nauk biologicznych (głównie biologii molekularnej i genetyki), pokrewna proteomice, genomice i metabolomice. Zajmuje się określeniem miejsca i czasu aktywności genów poprzez badanie transkryptomu. Nazwa została utworzona poprzez analogię ze słowa "genomika" i podobnie wskazuje na całościowe ujęcie danego problemu. Transkryptomika teoretyczna stanowi jeden z fundamentów bioinformatyki.PMCID (ang. PubMed Central Identifier) – unikatowy identyfikator przypisany do każdego cytowanego artykułu naukowego bazy PubMed Central.

    Podstawowe metody powszechnie stosowane w laboratoriach do badania transkryptomu:

  • ilościowy PCR (ang. Quantitative Polymerase Chain Reaction, qPCR) - metoda, która służy do pomiaru poziomu pojedynczych transkryptów, wykorzystując ilościową amplifikację cDNA uzyskanego z reakcji odwrotnej transkrypcji RNA (ang. Reverse Transcription, RT);
  • mikromacierze - mikrochipy pokryte sondami DNA, które poprzez hybrydyzację na zasadzie komplementarności do wyznakowanych cząsteczek docelowych (cDNA lub cRNA) uzyskanych z badanego RNA umożliwiają symultaniczne określenie poziomu od dziesiątek do setek tysięcy transkryptów (ale tylko tych, które są reprezentowane na mikromacierzy przez komplementarne do nich sondy);
  • sekwencjonowanie RNA (RNAseq) - globalna metoda pomiaru poziomu wszystkich cząsteczek RNA stosująca sekwencjonowanie całego transkryptomu z wykorzystaniem sekwencjonowania następnej generacji (ang. Next Generation Seqeuncing, NGS).

    • Zapoznaj się również z: proteom, genom, genomika.

    Mikromacierz DNA, chip DNA – płytka szklana lub plastikowa z naniesionymi w regularnych pozycjach mikroskopowej wielkości polami (ang. spots), zawierającymi różniące się od siebie sekwencją fragmenty DNA. Fragmenty te są sondami, które wykrywają przez hybrydyzację komplementarne do siebie cząsteczki DNA lub RNA.Transkrypcja – w genetyce proces syntezy RNA na matrycy DNA przez różne polimerazy RNA, czyli przepisywanie informacji zawartej w DNA na RNA.

    Przypisy[ | edytuj kod]

    1. Zhong Wang, Mark Gerstein, Michael Snyder, RNA-Seq: a revolutionary tool for transcriptomics, „Nature Reviews. Genetics”, 10 (1), 2009, s. 57–63, DOI: 10.1038/nrg2484, ISSN 1471-0064, PMID: 19015660, PMCID: PMC2949280 [dostęp 2018-02-12].
    DOI (ang. digital object identifier – cyfrowy identyfikator dokumentu elektronicznego) – identyfikator dokumentu elektronicznego, który w odróżnieniu od identyfikatorów URL nie zależy od fizycznej lokalizacji dokumentu, lecz jest do niego na stałe przypisany.Genomika – dziedzina biologii molekularnej i biologii teoretycznej (pokrewna genetyce i ściśle związana z bioinformatyką) zajmująca się analizą genomu organizmów. Głównym celem genomiki jest poznanie sekwencji materiału genetycznego oraz mapowanie genomu ale również określenie wszelkich zależności i interakcji wewnątrz genomu.




    Warto wiedzieć że... beta

    International Standard Serial Number, ISSN czyli Międzynarodowy Znormalizowany Numer Wydawnictwa Ciągłego – ośmiocyfrowy niepowtarzalny identyfikator wydawnictw ciągłych tradycyjnych oraz elektronicznych. Jest on oparty na podobnej koncepcji jak identyfikator ISBN dla książek, ISAN dla materiałów audio-wideo. Niektóre publikacje wydawane w seriach mają przyporządkowany zarówno numer ISSN, jak i ISBN.

    Reklama

    Czas generowania strony: 0.621 sek.