• Artykuły
  • Forum
  • Ciekawostki
  • Encyklopedia
  • MDGRAPE-3

    Przeczytaj także...
    LINPACK - biblioteka oprogramowania napisana w Fortranie w latach 70. dla numerycznego rozwiązywania problemów algebry liniowej. Jej autorami są Jack Dongarra, Jim Bunch, Cleve Moler i Pete Stewart. Jej następcą jest biblioteka LAPACK, przystosowana lepiej do architektur współczesnych komputerów. LINPACK wykorzystuje zestaw bibliotek BLAS do wykonywania podstawowych operacji na wektorach i macierzach. Jedną z najbardziej czasochłonnych podprocedur biblioteki BLAS, którą wykorzystuje LINPACK jest SAXPY. W zasadzie jest to operacja mnożenia wektora przez skalar i dodawania do innego wektora. Takie operacje mogą być wykonywane szczególnie szybko przez procesory wektorowe w komputerach o architekturze masywnie równoległej.Japonia (jap. 日本, trb. Nihon lub Nippon) – państwo wyspiarskie usytuowane na wąskim łańcuchu wysp na zachodnim Pacyfiku, u wschodnich wybrzeży Azji, o długości 3,3 tys. km. Archipelag rozciąga się niemal południkowo (Japończycy utrzymują, że ich kraj ma kształt „trzydniowego Księżyca”) pomiędzy 45°33′ a 20°25′ stopniem szerokości północnej, od Morza Ochockiego na północy do Morza Wschodniochińskiego i Tajwanu na południu. Stolica Tokio jest usytuowana prawie dokładnie na tej samej szerokości geograficznej co Ateny, Pekin, Teheran i Waszyngton.
    Moc obliczeniowa komputera – liczba działań arytmetycznych, jakie może wykonać komputer w określonej jednostce czasu.

    MDGRAPE-3 - superkomputer wybudowany w instytucie Riken w Japonii w 2006 roku. Jest systemem dedykowanym, zbudowanym w celu symulacji dynamiki molekularnej, w szczególności do przewidywania struktury białek.

    MDGRAPE-3 składa się z 201 węzłów zawierających po 24 specjalnie zaprojektowane układy scalone (w sumie 4808 układów), 64 węzłów zawierających po 256 dwurdzeniowych procesorów Intel Xeon "Dempsey", oraz 37 węzłów zawierających po 74 jednordzeniowe procesory Xeon.

    W czerwcu 2006 Riken ogłosił, że MDGRAPE-3 osiągnął poziom 1 PFLOPS (10 operacji zmiennoprzecinkowych na sekundę). W tym czasie komputer znajdujący się na 1 miejscu na liście TOP500 najwydajniejszych superkomputerów świata IBM Blue Gene/L, miał moc obliczeniową 0,28 PFLOPS. Ponieważ architektura MDGRAPE-3 nie umożliwiła uruchomienia testu LINPACK, nie kwalifikował się jednak do umieszczenia na tej liście.

    FLOPS (ang. FLoating point Operations Per Second) – liczba operacji zmiennoprzecinkowych na sekundę. Jest jednostką mocy obliczeniowej komputerów, używaną szczególnie w zastosowaniach naukowych. Jest bardziej uniwersalna od wcześniej używanej jednostki MIPS (instrukcji procesora na sekundę).Xeon (czyt. [ˈziːɒn]) – serwerowa rodzina procesorów firmy Intel, która wyewoluowała z procesorów Pentium II, jako następca dla użytkowników układów Pentium Pro. Pierwszy procesor taktowany był zegarem 450 MHz. Rodzina Xeonów przeznaczona jest na rynek serwerów na co wskazuje wyższa wydajność, zwiększona ilość pamięci podręcznej drugiego L2 i trzeciego L3 poziomu oraz możliwość pracy w konfiguracji wieloprocesorowej.

    Przypisy[ | edytuj kod]

    1. Overachievers We Love - Faster. „Popular Science”. 269 (6), 2006 (ang.). 
    2. Completion of a one-petaflops computer system for simulation of molecular dynamics (ang.). Riken, czerwiec 2006. [dostęp 24 listopada 2011].
    3. TOP500 List - June 2006 (1-100) (ang.). TOP500, czerwiec 2006. [dostęp 24 listopada 2011].

    Linki zewnętrzne[ | edytuj kod]

  • High-Performance Molecular Simulation [email protected]
  • Riken (jap. 理研, Riken) pełna nazwa: Rikagaku Kenkyūjo (jap. 理化学研究所, Instytut Badań Fizycznych i Chemicznych) – multidyscyplinarny japoński instytut badawczy, z główną siedzibą w Wakō w pobliżu Tokio.Białka – wielkocząsteczkowe (masa cząsteczkowa od ok. 10 000 do kilku mln Daltonów) biopolimery, a właściwie biologiczne polikondensaty, zbudowane z reszt aminokwasów połączonych ze sobą wiązaniami peptydowymi -CONH-. Występują we wszystkich żywych organizmach oraz wirusach. Synteza białek odbywa się przy udziale specjalnych organelli komórkowych zwanych rybosomami.



    w oparciu o Wikipedię (licencja GFDL, CC-BY-SA 3.0, autorzy, historia, edycja)

    Warto wiedzieć że... beta

    Dynamika molekularna (MD) - numeryczne rozwiązywanie i komputerowa symulacja przestrzeni fazowej dla modelu układu molekuł. Elementarne poprzez całkowanie równań ruchu Newtona lub kompleksowo z uwzględnieniem licznych oddziaływań w celu uzyskania informacji o właściwościach zależnych od czasu. Oddziaływania między elementami układu są opisywane przez pewną funkcję oraz zespół parametrów dla tej funkcji.
    Superkomputer – komputer znacznie przewyższający możliwościami powszechnie używane komputery, w szczególności dysponujący wielokrotnie większą mocą obliczeniową. Określenie to pojawiło się w latach 60. w odniesieniu do komputerów produkowanych przez CDC i później przez firmę Cray. Były one produkowane w dziesiątkach egzemplarzy i kosztowały po kilka milionów dolarów. Współcześnie większość superkomputerów to pojedyncze egzemplarze, zaprojektowane i wyprodukowane na zamówienie, zazwyczaj z seryjnie produkowanych procesorów i innych podzespołów. Koszty ich produkcji sięgają miliarda dolarów. Od czerwca 2013 najszybszym superkomputerem na świecie jest Tianhe-2, zbudowany w Chinach.
    TOP500 - strona internetowa przedstawiająca listę 500 superkomputerów uzyskujących najlepsze wyniki w teście LINPACK. Lista jest aktualizowana dwa razy w ciągu roku i prezentowana na dwóch konferencjach naukowych: w czerwcu na International Supercomputing Conference i w listopadzie na ACM/IEEE Supercomputing Conference.
    Intel – największy na świecie producent układów scalonych oraz twórca mikroprocesorów z rodziny x86, które znajdują się w większości komputerów osobistych.

    Reklama

    Czas generowania strony: 0.007 sek.