• Artykuły
  • Forum
  • Ciekawostki
  • Encyklopedia
  • LKB1



    Podstrony: 1 [2] [3] [4]
    Przeczytaj także...
    NMD (ang. Nonsense-Mediated Decay) - zachodzące w komórkach organizmów eukariotycznych zjawisko polegające na rozpoznawaniu i niszczeniu mRNA zawierających przedwczesny kodon STOP (PTC, ang. premature termination codon). Taki "proces kontroli jakości" mRNA zapobiega powstawaniu skróconych białek, które mogą być szkodliwe dla komórki. Proces NMD jest też wykorzystywany w komórce do regulacji ekspresji niektórych potrzebnych białek. Rozpoznawanie przedwczesnych kodonów STOP jest powiązane z procesami splicingu i translacji.Hipoksja – niedobór tlenu w tkankach powstający w wyniku zmniejszonej dyfuzji tlenu w płucach (hipoksja hipoksemiczna) lub zaburzenia transportu tlenu przez krew do tkanek (hipoksja ischemiczna).

    LKB1 (znany też jako STK11) – ludzki antyonkogen w locus 19p13.3, kodujący białko kinazy treoninowo-serynowej (EC 2.7.11.1). Mutacje z utratą funkcji genu LKB1 wiążą się z większością przypadków dziedziczonego autosomalnie dominująco zespołu Peutza-Jeghersa, objawiającego się predyspozycją do nowotworów złośliwych różnych narządów, polipami hamartomatycznymi przewodu pokarmowego, polipowatością nosa, plamami soczewicowatymi na wargach i palcach.

    Chugai Pharmaceutical Co., Ltd. (jap. 中外製薬, Chugai Pharmaceutical Co., Ltd.) jest jednym z największych japońskich koncernów farmaceutycznych. 51,5% udziałów firmy należy do Hoffmann–La Roche. Koncern powstał w marcu 1943 roku.RB (pRb, Rb) – białko kodowane przez gen supresorowy RB1. Gen RB1 jest zmutowany w wielu typach nowotworów człowieka. Nazwa białka RB pochodzi od siatkówczaka (retinoblastoma), nowotworu spowodowanego mutacjami w obydwu allelach kodującego białko genu RB1. Białko RB w komórkach jest obecne zazwyczaj jako fosfoproteina, i jest substratem reakcji fosforylacji przeprowadzanej przez liczne białka enzymatyczne z rodziny kinaz. Udowodnioną funkcją białka RB jest zapobieganie podziałowi komórki przez zatrzymanie cyklu komórkowego. Niefunkcjonalne białko RB nie zapobiega podziałom komórek, stąd udowodniony związek między mutacjami z utratą funkcji w genie RB1 a niekontrolowanymi podziałami komórek nowotworu.

    Locus genu, którego defekt jest odpowiedzialny za zespół Peutza-Jeghersa, zdeterminowano w 1997 roku przy pomocy analizy sprzężeń. Gen sklonowały niezależnie od siebie w 1998 roku dwa zespoły badaczy; praca Lauri Aaltonen i współpracowników z Uniwersytetu w Helsinkach ukazała się 8 stycznia na łamach Nature, natomiast tydzień wcześniej w Nature Genetics opublikowano doniesienie grupy Dietera Jennego z Max-Planck-Institute of Neurobiology i Michaela Zimmera z Uniwersytetu w Würzburgu. Badacze fińscy nazwali gen LKB1, a zespół niemiecki STK11 i jak dotąd nie ma konsensusu, której nazwy powinno się używać. Region kodujący LKB1 został sklonowany w 1996 roku przez Jun-ichi Nezu z Chugai Pharmaceuticals w Japonii i zdeponowany w banku genów jako kodujący nieznaną wcześniej kinazę. W pierwszej dekadzie po odkryciu genu wykazano, że białko kodowane przez gen LKB1 występuje in vivo w kompleksie potrójnym LKB1-STRAD-MO25 i pełni wiele różnorodnych funkcji, między innymi bierze udział w remodelowaniu chromatyny, regulacji cyklu komórkowego, szlaku sygnalizacyjnym Wnt, regulacji polarności komórek i ich metabolizmu energetycznego.

    Jednostka masy atomowej, dalton, zwyczajowo atomowa jednostka masy, potocznie unit; symbol u (od ang. unit, jednostka) lub Da – będąca jednostką masy stała fizyczna w przybliżeniu równa masie atomu wodoru, ale ze względów praktycznych zdefiniowana jako 1/12 masy atomu węgla C.MO25 – białko wchodzące w skład kompleksu LKB1-STRAD-MO25. Jest niezbędne dla pełnej aktywności biologicznej kinazy LKB1. Kodowane jest przez gen CAB39 (Calcium binding protein 39).

    Spis treści

  • 1 Gen
  • 1.1 Ortologi
  • 1.2 Polimorfizm pojedynczego nukleotydu
  • 2 mRNA
  • 3 Białko
  • 3.1 Budowa
  • 3.2 Modyfikacje posttranslacyjne i regulacja
  • 3.3 Lokalizacja wewnątrzkomórkowa
  • 3.4 Funkcja
  • 3.4.1 Białka wchodzące w interakcje z LKB1
  • 3.4.2 Substraty LKB1
  • 3.4.3 Rola w polaryzacji komórek
  • 3.4.4 Rola w remodellingu chromatyny
  • 4 Patologia
  • 4.1 Organizmy modelowe
  • 4.2 U ludzi
  • 4.2.1 Zespół Peutza-Jeghersa
  • 4.2.2 Nowotwory sporadyczne
  • 4.2.3 Rola SNPs w cukrzycy
  • 4.2.4 Znane mutacje w genie LKB1
  • 5 Możliwości terapeutyczne w PJS a LKB1
  • 5.1 Inhibitory COX-2
  • 5.2 Metformina
  • 5.3 Rapamycyna
  • 6 Przypisy
  • 7 Linki zewnętrzne
  • Nukleosom – jednostka strukturalna chromatyny składająca się z odcinka DNA o długości ok. 200 par zasad, z których 146 nawiniętych jest na 8 histonów rdzeniowych (po dwa histony H2A, H2B, H3 i H4 - tzw. oktamer histonowy) i tworzy tzw. cząstkę rdzeniową lub rdzeń nukleosomu.Enterocyty - komórki jelita cienkiego, budujące nabłonek błony śluzowej jelita razem z komórkami kubkowymi oraz komórkami endokrynowymi. Enterocyty są to komórki podłużne, pokrywa je od strony światła jelita rąbek szczoteczkowy, jądra komórkowe są umieszczone w podstawnej części komórki, poszczególne enterocyty łączą się obwódkami zamykającymi. Enterocyty biorą udział w procesie wchłaniania z jelita cienkiego do krwi, za pomocą rąbka szczoteczkowego pobierają substancje ze światła jelita i oddają do naczyń krwionośnych oraz limfatycznych, które znajdują się pod nabłonkiem. Wytwarzają połączenia adherens, occludens i desmosomy.

    Gen[]

    Gen LKB1 i sąsiadujące geny wlocus 19p13.3

    Gen LKB1 obejmuje około 23 kpz genomowego DNA i zawiera 9 eksonów, transkrybowanych w kierunku od telomeru do centromeru. Gen LKB1 podlega ekspresji w praktycznie wszystkich tkankach, zarówno płodowych jak i dorosłych organizmów. Poziom ekspresji LKB1 jest wysoki, około 3,3 razy wyższy niż przeciętnego genu. Najwyższy jest w jądrach i wątrobie płodu.

    mRNA, matrycowy (informacyjny, przekaźnikowy) RNA (z ang. messenger RNA) – rodzaj kwasu rybonukleinowego (RNA), którego funkcją jest przenoszenie informacji genetycznej o sekwencji poszczególnych polipeptydów z genów do aparatu translacyjnego.Kwas mewalonowy (kwas 3-metylo-3,5-dihydroksypentanowy) – organiczny związek chemiczny z grupy hydroksykwasów. Odgrywa rolę w wieloetapowym procesie biosyntezy cholesterolu. Kwas mewalonowy powstaje z kwasu 3-hydroksy-3-metyloglutarowego przy udziale enzymu reduktazy HMG-CoA, regulującego powstawanie cholesterolu. Kwas 3-metylo-3,5-dihydroksypentanowy występuje w dwóch odmianach enancjomerycznych, biologicznie aktywny jest związek o konfiguracji R.

    Ortologi[]

  • Mysi ortolog genu LKB1, Lkb1, został zmapowany na mysim chromosomie 10. Zawiera on 10 eksonów obejmując około 15 kpz. Gen LKB1 sklonowano też u szeregu innych ssaków.
  • Drosophila melanogaster ma odpowiednik oznaczany lkb1.
  • Xenopus posiada gen ortologiczny XEEK1
  • Danio rerio posiada gen ortologiczny oznaczany zgc:110180
  • U C. elegans występuje z kolei postać ortologiczna par-4 (abnormal embryonic PARtitioning of cytoplasm).
  • Par-4 i Lkb1 mają, odpowiednio, 26% i 44% identycznej sekwencji z LKB1 (42% i 66%, gdy porównać same domeny kinazowe).

    Rak przewodów żółciowych (rak komórek wyścielających drogi żółciowe, łac. cholangiocarcinoma, carcinoma cholangiocellulare, ang. cholangiocellular carcinoma, CCC, CCA) – choroba nowotworowa dróg żółciowych, będąca skutkiem nowotworowej transformacji komórek nabłonka przewodów żółciowych. Termin cholangiocarcinoma obejmuje guzy dróg żółciowych zarówno wewnątrz- jak i zewnątrzwątrobowych. Nowotwór występuje w krajach zachodnich z częstością 1-2:100 000, ale na całym świecie liczba zachorowań w ostatnich kilku dekadach rosła. Czynnikami ryzyka tego raka są pierwotne stwardniające zapalenie dróg żółciowych, malformacje wątroby, zarażenia pasożytniczymi przywrami z gatunków Opisthorchis viverrini i Clonorchis sinensis oraz kontakt z Thorotrastem (ditlenkiem toru), stosowanym niegdyś w diagnostyce radiologicznej. Objawami raka przewodów żółciowych są żółtaczka, utrata wagi, i niekiedy świąd skóry. Rozpoznanie choroby stawiane jest na podstawie badań obrazowych po potwierdzeniu histologicznym.Uniwersytet Helsiński (fin. Helsingin yliopisto, szw. Helsingfors Universitet) to największy uniwersytet w Finlandii (38 tys. studentów i 7,6 tys. pracowników). Wykłady odbywają się w językach fińskim i szwedzkim.Według szacunków uczelni kobiety stanowią ok. 64% studentów.

    U drożdży Saccharomyces cerevisiae trzy kinazy: Elm1, Pak1/Sak1 i Tos3 wykazują podobieństwo sekwencji do LKB1, aczkolwiek są bardziej zbliżone do ssaczej kinazy kinaz kalmodulino-zależnych (CAMKK). Elm1, Pak1/Sak1 i Tos3 fosforylują T-pętlę białka Snf1p, będącego homologiem ssaczej AMPK, a odkrycie to pozwoliło dowieść że LKB1 fosforyluje AMPK (zobacz dalej)

    Cytoplazma – część protoplazmy komórki eukariotycznej pozostająca poza jądrem komórkowym a w przypadku, z definicji nie posiadających jądra, komórek prokariotycznych – cała protoplazma.COX-2 (cyklooksygenaza indukowana, cyklooksygenaza wzbudzona) – jedna z dwóch izoform enzymu cyklooksygenazy. COX-2 jest aktywowana pod wpływem czynników związanych ze stanem zapalnym. Jej ilość wzrasta wówczas wielokrotnie w monocytach, makrofagach, synowicytach, chondrocytach, komórkach nabłonka, fibroblastach. Enzym ten katalizuje reakcję syntezy prostanoidów (prostaglandyn, prostacyklin i tromboksanów) z kwasu arachidonowego. Ponieważ prostanoidy są istotnymi czynnikami zaangażowanymi w przebieg procesu zapalnego (wpływają m.in. na powstawanie obrzęku, gorączki, bólu), w lecznictwie wykorzystuje się związki mające zdolność hamowania aktywności cyklooksygenzy, są to niesteroidowe leki przeciwzapalne.

    Polimorfizm pojedynczego nukleotydu[]

    W bazie NCBI odnotowano 143 polimorfizmów pojedynczego nukleotydu (SNP) w genie LKB1. Najczęstsze z nich to: rs741764 (48%), rs741765 (47%), rs2075606 (45%), rs2277746 (44%), rs3795063 (42%), rs2075604 (41%), rs6510599 (41%), rs3764640 (38%), rs2075608 (30%), rs8111699 (26%), rs2288948 (22%), rs2075607 (21%), rs7246173 (20%), rs7259033 (19%), rs3829686 (11%).

    Gruczolakorak (łac. adenocarcinoma) - złośliwy nowotwór pochodzenia nabłonkowego. Wywodzi się z nabłonka gruczołów wydzielania zewnętrznego oraz z ich przewodów.Rak jelita grubego (łac. carcinoma coli et recti) – nowotwór złośliwy rozwijający się w okrężnicy, wyrostku robaczkowym lub odbytnicy. Jest przyczyną 655 000 zgonów w ciągu roku na świecie.


    Podstrony: 1 [2] [3] [4]



    w oparciu o Wikipedię (licencja GFDL, CC-BY-SA 3.0, autorzy, historia, edycja)

    Warto wiedzieć że... beta

    Ekson (egzon, sekwencja kodująca) − w komórkach eukariotycznych odcinek genu (zazwyczaj krótszy od intronu), kodujący sekwencję aminokwasów w cząsteczce białka. Eksony bywają w genomie jądrowym oddzielone intronami. Pierwotny transkrypt zawiera wówczas na przemian ułożone odcinki intronowe i eksonowe. Po zsyntetyzowaniu czapeczki i poliadenylacji cząsteczki RNA, ale jeszcze przed jej eksportem z jądra do cytoplazmy następuje wycięcie wszystkich intronów oraz połączenie eksonów w jedną całość (splicing). Po zakończeniu tych procesów transkrypt staje się funkcjonalną cząsteczką informacyjnego RNA (mRNA), który w tej postaci może opuścić jądro komórkowe i zostać użytym w procesie translacji.
    MARK3 – gen kodujący białko kinazy białkowej serynowo-treoninowej. Gen MARK3 (MAP/microtubule affinity-regulating kinase 3), znany też jako CTAK1 i KP78, znajduje się w locus 14q32.3.
    Rak płuca (inaczej rak oskrzela) – najczęstszy nowotwór złośliwy, na który umiera rocznie na całym świecie 1,3 mln osób. Jest jednym z najgorzej rokujących nowotworów. Stanowi najczęstszą przyczynę zgonów z powodu raka u mężczyzn i jest na 2. miejscu pod tym względem u kobiet. Obecny stan wiedzy wskazuje na to, że największy wpływ na ryzyko zachorowania na raka płuca ma długoterminowe narażenie na wdychane karcynogeny, a zwłaszcza dym tytoniowy. Wydaje się, że w rzadkich przypadkach zachorowań na raka płuca u osób, które nigdy nie paliły do zachorowania dochodzi najczęściej przez połączenie czynników genetycznych oraz ekspozycji na bierne palenie. Poza tym radon oraz zanieczyszczenie powietrza, także mają wpływ na powstawanie raka płuca.
    Zespół Cowden (choroba Cowden, ang. Cowden syndrome, CS, Cowden disease, CD, multiple hamartoma syndrome, MHAM) – zespół objawów charakteryzujący się licznymi ogniskami hamartoma, łagodnych nowotworów oraz predyspozycją do zachorowań na raka sutka, jajnika i tarczycy. Może też występować rzadki nienowotworowy guz mózgu – choroba Lhermitte’a-Duclos. W 85% przypadków za zespół Cowden odpowiada autosomalnie dominująco dziedziczona mutacja antyonkogenu PTEN. W pozostałych 15% przyczyna jest nieznana, choć prawdopodobnie związana z ograniczeniem aktywności supresorowej białka PTEN. Częstość występowania zespołu Cowden oceniana jest na 1:200 000 osób. W 90% choroba jest diagnozowana przed dwudziestym rokiem życia. 99% zmian sprzed okresu diagnozy to zmiany skórne.
    Japonia (jap. 日本, trb. Nihon lub Nippon) – państwo wyspiarskie usytuowane na wąskim łańcuchu wysp na zachodnim Pacyfiku, u wschodnich wybrzeży Azji, o długości 3,3 tys. km. Archipelag rozciąga się niemal południkowo (Japończycy utrzymują, że ich kraj ma kształt „trzydniowego Księżyca”) pomiędzy 45°33′ a 20°25′ stopniem szerokości północnej, od Morza Ochockiego na północy do Morza Wschodniochińskiego i Tajwanu na południu. Stolica Tokio jest usytuowana prawie dokładnie na tej samej szerokości geograficznej co Ateny, Pekin, Teheran i Waszyngton.
    Ortologi – homologiczne geny, których rozdzielenie nastąpiło na skutek specjacji, czyli rozdzielenia gatunków, lub rzadziej horyzontalnego transferu genu.
    Dishevelled – rodzina białek komórek eukariotycznych, do której należą białka zaangażowane w alternatywne szlaki sygnalizacyjne Wnt. Dsh należą do cytoplazmatycznych fosfoprotein działających bezpośrednio na receptory frizzled. Wydaje się, że białka rodziny dishevelled regulują istotne procesy zarówno w zarodku jak i u dorosłych organizmów, wpływając na różnicowanie komórek, ich polarność i nawet na zachowanie społeczne organizmów. Znane są trzy geny kodujące białka rodziny dishevelled:

    Reklama

    Czas generowania strony: 0.357 sek.