• Artykuły
  • Forum
  • Ciekawostki
  • Encyklopedia
  • Koniec lepki

    Przeczytaj także...
    EcoRI (wym. "eko er jeden") - enzym, endonukleaza, wyizolowana po raz pierwszy ze szczepu RY13 E.coli, jest częścią bakteryjnego systemu modyfikacji restrykcyjnych.Enzymy restrykcyjne, inaczej restryktazy – enzymy z grupy endonukleaz przecinające nić DNA w miejscu wyznaczanym przez specyficzną sekwencję DNA. Rozpoznawana sekwencja z reguły ma charakter symetryczny o długości od 4 do 8 par zasad (pz), choć zdarzają się częste wyjątki. Restryktazy wraz z metylazami DNA stanowią system restrykcji i modyfikacji DNA, który w organizmach prokariotycznych stanowi mechanizm obronny zapobiegający włączeniu DNA bakteriofaga do genomu bakterii. Niespecyficzność enzymów restrykcyjnych w niektórych warunkach nazywa się aktywnością star.
    PMID (ang. PubMed Identifier, PubMed Unique Identifier) – unikatowy identyfikator przypisany do każdego artykułu naukowego bazy PubMed.

    Koniec lepki, koniec kohezyjny – kilkunukleotydowy jednoniciowy odcinek DNA znajdujący się na końcu dwuniciowego DNA.

    Końce lepkie mogą być efektem hybrydyzacji łańcuchów jednoniciowych DNA o odpowiedniej sekwencji, na przykład oligonukleotydów syntetycznych, lub powstawać przez przecięcie dwuniciowej cząsteczki DNA enzymem restrykcyjnym.

    Przykładowo enzym restrykcyjny EcoRI rozpoznaje sekwencję 5′-GAATTC-3′ w dwuniciowym DNA:

    Hybrydyzacja kwasów nukleinowych – zjawisko spontanicznego łączenia się komplementarnych nici kwasów nukleinowych (DNA z DNA, RNA z RNA lub DNA z RNA). Komplementarne nici kwasów nukleinowych ulegają rozdzieleniu (tzw. denaturacji) pod wpływem wysokiej temperatury lub substancji chemicznych, takich jak formamid lub mocznik. Po usunięciu wpływu czynnika denaturującego, nici łączą się ponownie (renaturacja). Szybkość hybrydyzacji zależy między innymi od długości fragmentów kwasów nukleinowych, podobieństwa i różnorodności sekwencji w próbce poddanej hybrydyzacji.Wektor genetyczny – wykorzystywana powszechnie w inżynierii genetycznej, niewielka cząsteczka DNA (taka jak plazmid czy DNA wirusów), służąca wprowadzeniu żądanej sekwencji DNA do komórki. Stosując odpowiednie wektory można spowodować wydajną ekspresję genów w nich zawartych (wektory ekspresyjne) lub integrację sekwencji przenoszonej na wektorze do genomu biorcy (np. wektory retrowirusowe), jak również przeprowadzić klonowanie genu (wektor klonujący). Takie wektory służą do wprowadzania obcego DNA do komórek i utrzymywania go w kolejnych podziałach komórkowych. Istnieją także wektory bifunkcjonalne (wahadłowe), które mogą egzystować w co najmniej dwóch odmiennych organizmach (np: w drożdżach i bakteriach).
    5′ G|A A T T C 3' 3′ C T T A A|G 5'

    i niesymetrycznie przecina dwuniciową cząsteczkę w taki sposób, że na nowo powstałych zakończeniach znajdują się jednoniciowe fragmenty o długości czterech nukleotydów z wystającym końcem 5′. 5′ G 3′               5′ A A T T C 3′ 3′ C T T A A 5′               3′ G 5′

    Inny enzym restrykcyjny – PstI – rozpoznaje sekwencję 5′-CTGCAG-3′ i przecina ją w następujący sposób:

    Koniec 5′ (czytaj: „koniec pięć prim”) – koniec nici kwasu nukleinowego (DNA lub RNA), jeden z jej skrajnych nukleotydów, zawierający wolną lub fosforylowaną grupę 5′-hydroksylową.Chemiczna synteza oligonukleotydów - proces otrzymywania metodami chemicznymi krótkich (maksymalnie do ok. 200 jednostek nukleotydowych, zwykle ok. 20) fragmentów DNA lub RNA (oligonukleotydów) o zdefiniowanej sekwencji zasad nukleotydowych.
    5′ C T G C A|G 3′ 3′ G|A C G T C 5′

    co daje końce lepkie z wystającym 3′: 5′ C T G C A 3′                5′ G 3′ 3′ G 5′                3′ A C G T C 5′

    Jak widać z powyższych przykładów, istnieją dwa rodzaje końców lepkich: z wystającym końcem 3′ lub 5′. Jest to istotne w biologii molekularnej podczas umieszczania insertu w wektorze.

    Koniec 3′ (czytaj: „koniec trzy prim”) – koniec nici kwasu nukleinowego (DNA lub RNA), jeden z jej skrajnych nukleotydów.Ligacja (z ang. ligation) – proces łączenia dwóch fragmentów lub końców nici DNA za pomocą ligazy. Proces ligacji wymaga energii w postaci ATP lub NAD (w zależności od ligazy).

    Cząsteczki DNA zakończone komplementarnymi końcami lepkimi, w odróżnieniu od cząsteczek zakończonych końcami tępymi, mogą łączyć się ze sobą (hybrydyzować) poprzez wiązania wodorowe (stąd nazwa „lepkie”), co ułatwia ich ligację.

    Przypisy[ | edytuj kod]

    1. końce kohezyjne. Słownik terminów biologicznych PWN. [dostęp 2013-08-02].
    2. R. Crea, A. Kraszewski, T. Hirose, K. Itakura. Chemical synthesis of genes for human insulin. „Proc Natl Acad Sci USA”. 75 (12), s. 5765–9, 1978. PMID: 282602. 
    3. Gregory J.S. Lohman, Stanley Tabor, Nicole M. Nichols: DNA Ligases. W: Current protocols in molecular biology. Willey & Sons, 2003. DOI: 10.1002/0471142727.mb0314s94.
    Insercja (interkalacja) - najczęściej spontaniczna mutacja genu polegająca na wstawieniu krótkiej sekwencji DNA w obrębie pojedynczego genu albo wstawieniu dłuższego fragmentu chromosomu. Wstawienie przynajmniej jednego nukleotydu. Insercja trójki nukleotydów powoduje powstanie dodatkowego aminokwasu w łańcuchu (insercja kodonu kodującego dany aminokwas pomiędzy dwa kodony, lub insercja jednego kodonu w drugi z wytworzeniem dwóch nowych, np. ATT dodane pomiędzy C i T kodonu CTG daje CATTTG, czyli CAT TTG). Insercja liczby nukleotydów nie będącej wielokrotnością liczby 3 prowadzi do przesunięcia ramki odczytu i zmiany wszystkich kodonów od miejsca insercji począwszy.Kwas deoksyrybonukleinowy (dawn. kwas dezoksyrybonukleinowy; akronim: DNA, z ang. deoxyribonucleic acid) – wielkocząsteczkowy organiczny związek chemiczny należący do kwasów nukleinowych. U eukariontów zlokalizowany jest przede wszystkim w jądrach komórek, u prokariontów bezpośrednio w cytoplazmie, natomiast u wirusów w kapsydach. Pełni rolę nośnika informacji genetycznej organizmów żywych.




    Warto wiedzieć że... beta

    DOI (ang. digital object identifier – cyfrowy identyfikator dokumentu elektronicznego) – identyfikator dokumentu elektronicznego, który w odróżnieniu od identyfikatorów URL nie zależy od fizycznej lokalizacji dokumentu, lecz jest do niego na stałe przypisany.
    Zasada komplementarności, reguła komplementarności (łac. complementum znaczy dopełnienie, uzupełnienie) – pojęcie stereochemiczne stosowane najczęściej w odniesieniu do struktur DNA powstających dzięki komplementarności par zasad występujących w sąsiednich niciach DNA lub DNA i RNA.
    Wiązanie wodorowe – (tzw. mostek wodorowy) rodzaj stosunkowo słabego wiązania chemicznego polegającego głównie na przyciąganiu elektrostatycznym między atomem wodoru i atomem elektroujemnym zawierającym wolne pary elektronowe. We wzorach oznaczany jest zazwyczaj linią przerywaną, np. X−H⋯Y–Z, gdzie X jest donorem wiązania wodorowego, a Y jego akceptorem.

    Reklama

    Czas generowania strony: 0.59 sek.