Kinom
Przeczytaj także...
Interferencja RNA (RNAi, z ang. RNA interference) – zjawisko wyciszania albo wyłączenia ekspresji genu przez dwuniciowy RNA (dsRNA, z ang. double stranded RNA) o budowie i sekwencji zbliżonej do sekwencji DNA wyłączanego genu. Wyłączenie może się odbywać na trzech poziomach: a) degradacja mRNA; b) blokowanie translacji mRNA; c) prawdopodobnie również przez indukcję epigenetycznego wyciszenia genu.Ryż (Oryza L.) – rodzaj zbóż z rodziny wiechlinowatych obejmujący 25 gatunków. Występuje w strefie klimatów gorących i ciepłych na całym świecie. Ryż spożywczy, będący podstawą wyżywienia 1/3 ludności świata , jest produktem otrzymywanym z ziarna ryżu siewnego.
Kinazy białkowe – grupa kinaz, których substratami są białka. Enzymy te przeprowadzają reakcję fosforylacji cząsteczki specyficznego dla danej kinazy białka. Fosforylacja zwykle prowadzi do zmiany konformacji cząsteczki białka i, w konsekwencji, zmiany jego aktywności, zdolności do wiązania się z innymi białkami albo przemieszczenia cząsteczki w obrębie komórki. Do 30% białek podlega regulacji na tej drodze; większość szlaków metabolicznych komórki, zwłaszcza sygnalizacyjnych, angażuje enzymy z grupy kinaz białkowych. W ludzkim genomie zidentyfikowano kilkaset genów kodujących sekwencje aminokwasowe kinaz białkowych (około 2% wszystkich genow). Funkcja kinaz białkowych podlega wielostopniowej regulacji, również angażującej kinazy i fosfatazy białkowe; fosforylacja białka kinazy może zwiększać albo zmniejszać jej aktywność. Białka aktywatorowe lub inhibitorowe przez przyłączanie się do domen regulatorowych kinaz również wpływają na ich aktywność. Niektóre kinazy posiadają domenę regulatorową, którą same mogą fosforylować (autofosforylacja albo cis-fosforylacja).
Interferencja RNA (RNAi, z ang. RNA interference) – zjawisko wyciszania albo wyłączenia ekspresji genu przez dwuniciowy RNA (dsRNA, z ang. double stranded RNA) o budowie i sekwencji zbliżonej do sekwencji DNA wyłączanego genu. Wyłączenie może się odbywać na trzech poziomach: a) degradacja mRNA; b) blokowanie translacji mRNA; c) prawdopodobnie również przez indukcję epigenetycznego wyciszenia genu.Ryż (Oryza L.) – rodzaj zbóż z rodziny wiechlinowatych obejmujący 25 gatunków. Występuje w strefie klimatów gorących i ciepłych na całym świecie. Ryż spożywczy, będący podstawą wyżywienia 1/3 ludności świata , jest produktem otrzymywanym z ziarna ryżu siewnego.
Kinazy białkowe – grupa kinaz, których substratami są białka. Enzymy te przeprowadzają reakcję fosforylacji cząsteczki specyficznego dla danej kinazy białka. Fosforylacja zwykle prowadzi do zmiany konformacji cząsteczki białka i, w konsekwencji, zmiany jego aktywności, zdolności do wiązania się z innymi białkami albo przemieszczenia cząsteczki w obrębie komórki. Do 30% białek podlega regulacji na tej drodze; większość szlaków metabolicznych komórki, zwłaszcza sygnalizacyjnych, angażuje enzymy z grupy kinaz białkowych. W ludzkim genomie zidentyfikowano kilkaset genów kodujących sekwencje aminokwasowe kinaz białkowych (około 2% wszystkich genow). Funkcja kinaz białkowych podlega wielostopniowej regulacji, również angażującej kinazy i fosfatazy białkowe; fosforylacja białka kinazy może zwiększać albo zmniejszać jej aktywność. Białka aktywatorowe lub inhibitorowe przez przyłączanie się do domen regulatorowych kinaz również wpływają na ich aktywność. Niektóre kinazy posiadają domenę regulatorową, którą same mogą fosforylować (autofosforylacja albo cis-fosforylacja).
W biologii molekularnej, kinom organizmu to zestaw (genów dla) kinaz białkowych w jego genomie. Kinazy białkowe są grupą enzymów katalizujących reakcje fosforylacji reszt aminokwasowych białek. Kinazy dzielą się na podgrupy i rodziny, np. w zależności od substratu, którym może być reszta serynowa (kinazy serynowe), reszta treoninowa (kinazy treoninowe) lub obie reszty aminokwasowe (kinazy serynowo-treoninowe, np. należące do rodzin MAP2K i GSK). Termin "kinom" został użyty po raz pierwszy w 2002 roku przez Gerarda Manninga i wsp. w dwóch pracach opisujących 518 ludzkich kinaz białkowych i przebieg ewolucji kinaz białkowych u eukariontów. Opisano również kinom ryżu, różnych grzybów, nicieni, owadów, jeżowców i śluzowca Dictyostelium.
Gen (gr. γένος – ród, pochodzenie) – podstawowa jednostka dziedziczności determinująca powstanie jednej cząsteczki białka lub kwasu rybonukleinowego zapisana w sekwencji nukleotydów kwasu deoksyrybonukleinowego.PMID (ang. PubMed Identifier, PubMed Unique Identifier) – unikatowy identyfikator przypisany do każdego artykułu naukowego bazy PubMed.
Ponieważ kinazy są istotnym celem projektowanych leków jako enzymy kontrolujące funkcje komórki, kinom jest badany na dużą skalę metodami genomiki funkcjonalnej, z udziałem RNAi i pod kątem działań niektórych leków, zwłaszcza chemioterapeutyków stosowanych w leczeniu nowotworów.
Enzymy – wielkocząsteczkowe, w większości białkowe, katalizatory przyspieszające specyficzne reakcje chemiczne poprzez obniżenie ich energii aktywacji.Genom – materiał genetyczny zawarty w podstawowym (haploidalnym) zespole chromosomów. Termin mylony jest z genotypem, czyli całością informacji genetycznej zawartej w chromosomach organizmu.
U zwierząt kinom zawiera tylko kinazy fosforylujące wyłącznie reszty tyrozynowe (kinazy tyrozynowe), kinazy działające na reszty serynowe lub treoninowe, i kilka klas (takich jak GSK3 i MAP2K) kinaz serynowo-treoninowych.
Przypisy[ | edytuj kod]
- Manning G, Whyte DB, Martinez R, Hunter T, Sudarsanam S. The protein kinase complement of the human genome.. „Science”. 298. 5600, s. 1912-34, 2002. DOI: 10.1126/science.1075762. PMID: 12471243.
- Manning G, Plowman GD, Hunter T, Sudarsanam S. Evolution of protein kinase signaling from yeast to man. „Trends Biochem Sci”. 27. 10, s. 514-20, 2002. PMID: 12368087.
- Dardick C, Chen J, Richter T, Ouyang S, Ronald P. The rice kinase database. A phylogenomic database for the rice kinome. „Plant Physiol”. 143. 2, s. 579-86, 2007. DOI: 10.1104/pp.106.087270. PMID: 17172291.
- Bradham CA, Foltz KR, Beane WS, Arnone MI, Rizzo F, Coffman JA, Mushegian A, Goel M, Morales J, Geneviere AM, Lapraz F, Robertson AJ, Kelkar H, Loza-Coll M, Townley IK, Raisch M, Roux MM, Lepage T, Gache C, McClay DR, Manning G. The sea urchin kinome: a first look. „Dev Biol”. 300. 1, s. 180-93, 2006. DOI: 10.1016/j.ydbio.2006.08.074. PMID: 17027740.
- Goldberg JM, Manning G, Liu A, Fey P, Pilcher KE, Xu Y, Smith JL. The dictyostelium kinome--analysis of the protein kinases from a simple model organism. „PLoS Genet”. 2. 3, s. e38, 2006. DOI: 10.1371/journal.pgen.0020038. PMID: 16596165.
- Workman P. Drugging the cancer kinome: progress and challenges in developing personalized molecular cancer therapeutics. „Cold Spring Harb Symp Quant Biol”. 70, s. 499-515, 2006. DOI: 10.1101/sqb.2005.70.020. PMID: 16869789.
Linki zewnętrzne[ | edytuj kod]
Fosforylacja – reakcja przyłączenia reszty fosforanowej do nukleofilowego atomu dowolnego związku chemicznego. Zazwyczaj fosforylowane są grupy hydroksylowe (estryfikacja alkoholi) lub aminowe (tworzenie amidów). Przeciwieństwem fosforylacji jest defosforylacja.Biologia molekularna – nauka podstawowa zajmująca się biologią na poziomie molekularnym. Bada, w jaki sposób funkcjonowanie organizmów żywych uwarunkowane jest właściwościami budujących je cząsteczek, a zwłaszcza biopolimerów, jakimi są kwasy nukleinowe i białka. Zazębia się ona z takimi dziedzinami wiedzy jak genetyka, biochemia, biofizyka czy cytologia.
Warto wiedzieć że... beta
Nowotwór (łac. neoplasma, skrót npl – z greckiego neoplasia) – grupa chorób, w których komórki organizmu dzielą się w sposób niekontrolowany przez organizm, a nowo powstałe komórki nowotworowe nie różnicują się w typowe komórki tkanki. Utrata kontroli nad podziałami jest związana z mutacjami genów kodujących białka uczestniczące w cyklu komórkowym: protoonkogenów i antyonkogenów. Mutacje te powodują, że komórka wcale lub niewłaściwie reaguje na sygnały z organizmu. Powstanie nowotworu złośliwego wymaga kilku mutacji, stąd długi, ale najczęściej bezobjawowy okres rozwoju choroby. U osób z rodzinną skłonnością do nowotworów część tych mutacji jest dziedziczona.
Śluzowce (Myxomycota) zwane też śluzoroślami (Eumycetozoa) – grupa (ok. kilkuset gatunków) organizmów eukariotycznych należąca do Amoebozoa, dawniej zaliczana do grzybów, potem do protistów grzybopodobnych (wraz z lęgniowcami). Z przyczyn historycznych w podręcznikach traktowana jako klasa roślin zarodnikowych, a w szczególności grzybów. Jednak bliższa jest typowo zwierzęcym Protista (pierwotniakom). Wskazuje na to występowanie form ruchomych (myksoameb i myksopełzaków oraz odżywianie się poprzez fagocytozę), dlatego włączane są do supergrupy Amoebozoa, z wyjątkiem łańcuszkorośli (Acrasiomycota=Heterolobosea=Percolozoa), które zalicza się do supergrupy Excavata oraz plazmodioforowców, zaliczanych niegdyś również do glonowców, obecnie do supergrupy Rhizaria.
Seryna (kwas α-amino-β-hydroksypropionowy, skróty: Ser lub S) – organiczny związek chemiczny, endogenny aminokwas kodowany (biogenny), wchodzi w skład białek, takich, jak np. kazeina w mleku czy fibroina jedwabiu. Jest obojętna elektrycznie. Niezbędna w diecie człowieka, pełni ważną funkcję w trawieniu białek jako składnik proteaz serynowych. Dekarboksylacja seryny prowadzi do powstania kolaminy.
Grzyby (Fungi Juss.) R. T. Moore – królestwo należące do domeny jądrowców (Eucaryota). Dawniej, w zależności od ujęcia systematycznego takson ten miał rangę podkrólestwa (Fungi R.T. Moore, 1971), podtypu, (Fungi Engl. 1889) i klasy (Fungi Bartling, 1830).
Treonina (Thr lub T, kwas α-amino-β-hydroksymasłowy) − organiczny związek chemiczny, obojętny elektrycznie aminokwas. Stereoizomer L jest jednym z 20 podstawowych aminokwasów białkowych. Należy do aminokwasów niezbędnych (nie może być syntetyzowany w organizmie człowieka i musi być dostarczany z pożywieniem). Treonina jest aminokwasem optycznie czynnym posiadającym drugi asymetryczny atom węgla obok węgla α. Produkty o dużej zawartości treoniny to twaróg, drób, ryby, mięso, soczewica, i ziarno sezamowe.
DOI (ang. digital object identifier – cyfrowy identyfikator dokumentu elektronicznego) – identyfikator dokumentu elektronicznego, który w odróżnieniu od identyfikatorów URL nie zależy od fizycznej lokalizacji dokumentu, lecz jest do niego na stałe przypisany.
Aminokwasy – organiczne związki chemiczne zawierające zasadową grupę aminową -NH2 oraz kwasową grupę karboksylową -COOH lub – w ujęciu ogólniejszym – dowolną grupę kwasową, np. sulfonową -SO3H. Aminokwasy są tzw. solami wewnętrznymi (amfolitami).