Grid.org

Grid.org – zbiór kilkunastu projektów internetowych, wykorzystujących zasadę obliczeń rozproszonych, które polegają na wykorzystywaniu mocy obliczeniowej komputerów wolontariuszy w celu wykonania obliczeń potrzebnych do rozwiązania rozmaitych problemów biomedycznych. Powstał w kwietniu 2001 roku pod nazwą United Devices. Projekt oficjalnie zakończył działalność 27 kwietnia 2007 roku.

Projekt internetowy to nieformalna grupa użytkowników-woluntariuszy internetu, którzy łączą swoje wysiłki, aby osiągnąć jakiś cel.Internet Archive − instytucja znajdująca się na przedmieściach San Francisco (Kalifornia, Stany Zjednoczone), która zajmuje się gromadzeniem i udostępnianiem archiwum rozmaitych zasobów multimedialnych.

Grid.org był jednocześnie instytucją koordynującą te projekty. Działała ona wykorzystując infrastrukturę firmy United Devices. Większość projektów była nadzorowana przez Wydział Biochemii Uniwersytetu Oksfordzkiego oraz amerykański National Foundation for Cancer Research.

Uczestniczenie w projektach działających w ramach grid.org polegało na ściągnięciu programu, tzw. klienta systemu grid.org, działającego w tle lub jako wygaszacz ekranu, zainstalowaniu go na własnym komputerze, podłączonym do internetu i obserwowaniu efektów jego działania. Programy te wykonywały intensywne obliczenia, w czasie gdy komputer nie był użytkowany, obrazując w efektowny sposób ich postęp na ekranie.

Wąglik (łac. anthrax) – choroba zakaźna, zaraźliwa, wywoływana przez Gram-dodatnią bakterię nazywaną laseczką wąglika (Bacillus anthracis). Znany już od czasów starożytnych, występuje na całym świecie. Wąglik występuje najczęściej u bydła, koni, owiec i kóz. Świnie rzadko chorują. Psy cechuje znaczna odporność. Ptaki są niewrażliwe na zakażenia naturalne.Kwas deoksyrybonukleinowy (dawn. kwas dezoksyrybonukleinowy; akronim: DNA, z ang. deoxyribonucleic acid) – wielkocząsteczkowy organiczny związek chemiczny należący do kwasów nukleinowych. U eukariontów zlokalizowany jest przede wszystkim w jądrach komórek, u prokariontów bezpośrednio w cytoplazmie, natomiast u wirusów w kapsydach. Pełni rolę nośnika informacji genetycznej organizmów żywych.

Aby uczestniczyć w projekcie nie był konieczny stały dostęp do internetu. Po ściągnięciu porcji danych, zwykle około 800kb, program samodzielnie ją przetwarzał. Po zakończeniu obliczeń, co trwało zwykle od kilku do kilkudziesięciu godzin, klient oczekiwał na pierwsze połączenie z internetem, w czasie którego wysyłał swoje wyniki i pobierał kolejną próbkę do obliczeń.

Internet (skrótowiec od ang. inter-network, dosłownie "między-sieć") – ogólnoświatowa sieć komputerowa, określana również jako sieć sieci. W znaczeniu informatycznym Internet to przestrzeń adresów IP przydzielonych hostom i serwerom połączonym za pomocą urządzeń sieciowych, takich jak karty sieciowe, modemy i koncentratory, komunikujących się za pomocą protokołu internetowego z wykorzystaniem infrastruktury telekomunikacyjnej.Obliczenia rozproszone (ang. distributed computing) – obliczenia, umożliwiające współdzielenie zasobów obliczeniowych, często rozproszonych geograficznie.

Projekt zawierał wiele elementów integrujących społeczność wolontariuszy. Tak zwany Member Services, na które składał się panel użytkownika, panel drużyn, a w nich dokładne statystyki z poszczególnych komputerów przyłączonych do projektu, możliwość łączenia użytkowników w zespoły, ranking użytkowników indywidualnych oraz zespołów, rozbudowane angielskojęzyczne forum.

Białka – wielkocząsteczkowe (masa cząsteczkowa od ok. 10 000 do kilku mln Daltonów) biopolimery, a właściwie biologiczne polikondensaty, zbudowane z reszt aminokwasów połączonych ze sobą wiązaniami peptydowymi -CONH-. Występują we wszystkich żywych organizmach oraz wirusach. Synteza białek odbywa się przy udziale specjalnych organelli komórkowych zwanych rybosomami.Komórka nowotworowa – komórka której cykl komórkowy został zaburzony wskutek mutacji. Jedną z jej ważnych cech jest duża zdolność do unikania apoptozy. Komórka nowotworowa dzieli się nieustannie i bez ograniczeń. Charakteryzuje ją podwyższona aktywność telomerazy, co umożliwia ominięcie fizjologicznego limitu ilości podziałów jednej komórki. Pod tym względem przypomina komórki macierzyste, jednak nie dochodzi do specjalizacji komórki. Podział komórek nowotworowych może prowadzić do powstania guza nowotworowego.

Przykładowy raport z Member Statistics:

Total CPU Time (y:d:h:m:s) (Rank)  – 11:237:03:13:08 (# 3,234)
Points Generated (Rank)            – 1,059,757 (#7,773)
Results Returned (Rank)            – 12,997 (#2,074)

Projekty

Projekt Anthrax – jego celem było wstępne wyselekcjonowanie kilkuset tysięcy spośród ok. 3,7 miliarda modeli cząsteczek związków chemicznych, mogących mieć potencjalne właściwości biobójcze w stosunku do złośliwych postaci wąglika. Projekt skończył się pełnym sukcesem już po 24 dniach od jego uruchomienia. Wyselekcjonowano ok. 500 000 cząsteczek, które były następnie bardziej szczegółowo analizowane poza projektem grid.org.

Projekt HMMER – wykorzystywał on moc obliczeniową komputerów wolontariuszy w celu wyszukiwania w ludzkim kodzie genetycznym sekwencji nukleotydów DNA, które są potencjalnymi "markerami" miejsc, w których zaczynają się uszkodzenia kodu powodujące choroby genetyczne. Projekt HMMER nie przyniósł jednak oczekiwanych rezultatów i został zarzucony.

PatriotGrid – mocno kontrowersyjny projekt, który posługując się metodami użytymi do znalezienia leku na wąglika, starał się znaleźć antybiotyki działające na bakterie i wirusy, które mogą być potencjalnie użyte jako broń biologiczna. Osoby przystępujące do projektu nie były informowane na jakie konkretnie bakterie i wirusy będą za ich pomocą wyszukiwane leki, gdyż lista potencjalnych bakterii i wirusów, co do których sądzi się, że mogą być użyte jako broń biologiczna, jest tajna.

Smallpox Research – poszukiwanie skutecznego leku na nowe mutacje Ospy prawdziwej (zwanej też czarną), które mogą pojawiać się zarówno naturalnie jak i na skutek badań nad bronią biologiczną. Obliczenia w ramach grid.org zakończyły się 11 marca 2004, ale projekt nie został jeszcze oficjalnie zamknięty.

Cancer Resarch – poszukiwanie skutecznych leków na rozmaite formy nowotworów. W ramach projektu testowano skuteczność mechanizmu blokowania tworzenia białek charakterystycznych dla komórek nowotworowych, przez zbiór ok. 4 miliardów związków chemicznych, po to aby wyselekcjonować najbardziej obiecujące. Aktualnie (grudzień 2003) projekt znajduje się pod koniec II fazy – wyboru ok. 1 miliona potencjalnie najbardziej obiecujących związków.

Zobacz też

BOINC

Linki zewnętrzne

Grid.org

Projekt anty-rakowy – strona informująca (stan z 28 sierpnia 2014) o zamknięciu projektu 27 kwietnia 2007 i krótko podsumowująca jego cel i osiągnięcia. (ang.)

Projekt anty-ospowy – strona zarchiwizowana 7 października 2013 w zasobach Internet Archive (ang.)