• Artykuły
  • Forum
  • Ciekawostki
  • Encyklopedia
  • Egzonukleazy



    Podstrony: 1 [2] [3] [4]
    Przeczytaj także...
    Bakteriofag lambda - bakteriofag zawierający dwuniciowy DNA, infekujący bakterie Escherichia coli. Może integrować do genomu gospodarza.tRNA, transportujący (transferowy) RNA (ang. transfer RNA) − najmniejsze (składające się z kilkudziesięciu nukleotydów) cząsteczki kwasu rybonukleinowego (RNA), których zadaniem jest przyłączanie wolnych aminokwasów w cytoplazmie i transportowanie ich do rybosomów, gdzie w trakcie procesu translacji zostają włączone do powstającego łańcucha polipeptydowego. tRNA cechuje wysoka specyficzność w stosunku do aminokwasów. Każdy z aminokwasów syntetyzowanego białka może być transportowany przez jeden, a niektóre przez kilka różnych tRNA. Cząsteczki tRNA występują w komór­kach w stanie wolnym bądź też związane ze specyficznym aminokwasem. Kompleks tRNA-aminokwas nosi nazwę aminoacylo-tRNA.
    Model fragmentu polimerazy I z domeną o aktywności egzonukleazy 3'→5'

    Egzonukleazyenzymy należące do grupy esteraz (jednej z klas hydrolaz), które, działając na jedno- lub dwuniciowe DNA i RNA, powodują odłączenie nukleotydów od końców ich łańcuchów.

    Podział[ | edytuj kod]

    Ze względu na kierunek trawienia nici kwasu nukleinowego wyróżnia się:

    mRNA, matrycowy (informacyjny, przekaźnikowy) RNA (z ang. messenger RNA) – rodzaj kwasu rybonukleinowego (RNA), którego funkcją jest przenoszenie informacji genetycznej o sekwencji poszczególnych polipeptydów z genów do aparatu translacyjnego.Endonukleazy - enzymy należące do klasy hydrolaz, które działając na DNA i RNA doprowadzają do ich rozkładu do oligonukleotydów przez rozerwanie wiązań fosfodiestrowych wewnątrz łańcucha kwasu nukleinowego.
  • egzonukleazy 5'→3', np. egzonukleaza z jadu węża (SVPD, z ang. snake venom phosphodiesterase, EC 3.1.15.1)
  • egzonukleazy 3'→5', np. egzonukleaza ze śledziony (EC 3.1.15.2).
  • Ze względu na typ degradowanego kwasu nukleinowego wyróżnia się:

  • egzorybonukleazy – nukleazy RNA, np.:
  • egzorybonukleaza II (EC 3.1.13.1) – egzorybonukleaza typu 3'→5' wytwarzająca 5'-nukleotydy; hydrolizuje mRNA oraz inne jedno- i dwuniciowe RNA; występuje w organizmach wszystkich domen, bierze udział w dojrzewaniu tRNA
  • egzorybonukleaza H (EC 3.1.13.2) – egzorybonukleaza typu 3'→5' wytwarzająca 5'-nukleotydy i oligonukleotydy oraz 5'-deoksynukleotydy i oligodeoksynukleotydy; hydrolizuje hybrydy DNA-RNA; występuje u wirusów i organizmów komórkowych
  • oligonukleotydaza (EC 3.1.13.3) – egzorybonukleaza hydrolizująca oligorybonukleotydy z wytworzeniem 5'-nukleotydów; występuje u bakterii i eukariontów
  • rybonukleaza specyficzna dla poli(A) (EC 3.1.13.4) – egzorybonukleaza hydrolizująca sekwencje poli(A) z wytworzeniem AMP; występuje u bakterii i eukariontów
  • rybonukleaza D (EC 3.1.13.5) – egzorybonukleaza typu 3'→5' wytwarzająca 5'-nukleotydy; odcina nadmiarowe nukleotydy z tRNA; występuje u bakterii i eukariontów
  • 5'-3' egzorybonukleaza (EC 3.1.13.B1) – egzorybonukleaza typu 5'→3' wytwarzająca 5'-nukleotydy; pełni istotną rolę w obrocie mRNA; występuje u wirusów i organizmów komórkowych
  • egzodeoksyrybonukleazy – nukleazy DNA, np.:
  • egzodeoksyrybonukleaza I (EC 3.1.11.1) – egzodeoksyrybonukleaza typu 3'→5' wytwarzająca 5'-deoksynukleotydy; hydrolizuje jedno- i dwuniciowe DNA; występuje w organizmach wszystkich domen, wykazuje dużą zachowawczość sekwencji od drożdży do człowieka; ludzka egzodeoksyrybonukleaza I pełni ważną rolę w naprawie DNA i procesie rekombinacji
  • egzodeoksyrybonukleaza III (EC 3.1.11.2) – egzodeoksyrybonukleaza typu 3'→5' wytwarzająca 5'-deoksynukleotydy; hydrolizuje dwuniciowe DNA; występuje w organizmach wszystkich domen
  • egzodeoksyrybonukleaza indukowana bakteriofagiem lambda (EC 3.1.11.3) – egzodeoksyrybonukleaza typu 3'→5' wytwarzająca 5'-deoksynukleotydy; jest niezależna od ATP, a zależna od jonów Mg2+
    ; wiąże się do dwuniciowego DNA, trawiąc koniec 5' z wytworzeniem długich jednoniciowych ogonów DNA; wytwarzana przez fagi λ i T7
  • egzodeoksyrybonukleaza indukowana bakteriofagiem SP3 (EC 3.1.11.4) – egzodeoksyrybonukleaza typu 3'→5'; hydrolizuje jednoniciowe DNA z wytworzeniem di(deoksynukleotydów) z grupą fosforanową na końcu 5'; wytwarzana przez fagi SP3
  • egzodeoksyrybonukleaza V (EC 3.1.11.5) – egzodeoksyrybonukleaza działająca w kierunku zarówno 5'→3', jak i 3'→5'; jest zależna od ATP; wytwarza deoksynukleotydy i oligodeoksynukleotydy z grupą fosforanową na końcu 5'; hydrolizuje jedno- i dwuniciowe DNA; występuje w organizmach wszystkich domen
  • egzodeoksyrybonukleaza VII (EC 3.1.11.6) – egzodeoksyrybonukleaza działająca w kierunku zarówno 5'→3', jak i 3'→5'; wytwarza 5'-deoksynukleotydy; hydrolizuje jednoniciowe DNA; występuje u wirusów i organizmów komórkowych
  • 5'→3' egzodeoksyrybonukleaza (wytwarzająca 3'-fosforany nukleozydów) (EC 3.1.12.1) – egzodeoksyrybonukleaza działająca w kierunku 5'→3'; wytwarza 3'-deoksynukleotydy; hydrolizuje jednoniciowe DNA; występuje u wirusów i organizmów komórkowych.
  • Porównanie mechanizmy działania egzonukleaz 3'→5' typu hydrolaz (po lewej) i nukleotydylotransferaz (po prawej)

    Niektóre egzonukleazy są zdolne do trawienia zarówno DNA, jak i RNA, np. egzonukleaza z jadu węża (SVPD, z ang. snake venom phosphodiesterase, EC 3.1.15.1) lub egzonukleaza ze śledziony (EC 3.1.15.2).

    Numer EC – numer przypisany każdemu enzymowi według zasad klasyfikacji opracowanej w 1984 roku przez Komitet Nazewnictwa (ang. Nomenclature Committee) Międzynarodowej Unii Biochemii i Biologii Molekularnej (ang. International Union of Biochemistry). Numery EC Enzyme Commission (Komisja Enzymatyczna) lub Enzyme Catalogue dzielą wszystkie enzymy na sześć głównych grup ze względu na typ katalizowanej reakcji. Komisja Enzymatyczna przypisała każdemu enzymowi zarekomendowaną nazwę i czteroczęściowy rozróżnialny numer o strukturze XX.XX.XX.XXBakteriofag T4 – zawierający dwuniciowy DNA (174 tys. par zasad) bakteriofag o kapsydzie mającym kształt dwudziestościanu foremnego (ikosaedru), który infekuje komórki bakterii Escherichia coli.


    Podstrony: 1 [2] [3] [4]




    Warto wiedzieć że... beta

    PMID (ang. PubMed Identifier, PubMed Unique Identifier) – unikatowy identyfikator przypisany do każdego artykułu naukowego bazy PubMed.
    Adenozyno-5′-trifosforan (adenozynotrójfosforan, ATP) – organiczny związek chemiczny, nukleotyd adeninowy zbudowany z grupy trójfosforanowej przyłączonej w pozycji 5′ cząsteczki adenozyny, tworząc bezwodnik kwasu fosforowego. Odgrywa on ważną rolę w biologii komórki jako wielofunkcyjny koenzym i molekularna jednostka w wewnątrzkomórkowym transporcie energii. Stanowi nośnik energii chemicznej, używanej w metabolizmie komórki. Powstaje jako magazyn energii w procesach fotosyntezy i oddychania komórkowego. Zużywają go liczne enzymy, a zgromadzona w nim energia służy do przeprowadzania różnorodnych procesów, jak biosyntezy, ruchu i podziału komórki. Tworzy się z adenozyno-5′-difosforanu, a przekazując swą energię dalej, powraca do formy ADP lub adenozyno-5′-monofosforanu (AMP). Cykl ten zachodzi bezustannie w organizmach żywych. Człowiek każdego dnia przekształca ilość ATP porównywalną z masą swego ciała.
    Enzymy – wielkocząsteczkowe, w większości białkowe, katalizatory przyspieszające specyficzne reakcje chemiczne poprzez obniżenie ich energii aktywacji.
    Adenozyno-5′-monofosforan (adenozynomonofosforan, AMP) – rybonukleotyd powstający w wyniku przyłączenia reszty fosforanowej do węgla 5′ adenozyny:
    Polimeraza DNA – enzym katalizujący syntezę DNA w czasie replikacji lub naprawy DNA. Synteza ta polega na polimeryzacji deoksyrybonukleotydów przez wytwarzanie wiązań fosfodiestrowych między nimi. Substratami do tej reakcji są nukleotydy trójfosforanowe, a jej produktem ubocznym jest pirofosforan, złożony z dwóch reszt fosforanowych. Dlatego składnikami DNA są nukleotydy jednofosforanowe (monofosforanowe). Większość polimeraz DNA wymaga matrycy, w formie jednoniciowego DNA lub RNA, z krótkim obszarem dwuniciowym. Odcinek dwuniciowy powstaje przez przyłączenie się do jednoniciowej matrycy krótkiego komplementarnego do matrycy odcinka DNA lub RNA, zwanego primerem lub starterem (zwykle ma długość od kilku do ok. 20 nukleotydów).
    Koniec 5′ (czytaj: „koniec pięć prim”) – koniec nici kwasu nukleinowego (DNA lub RNA), jeden z jej skrajnych nukleotydów, zawierający wolną lub fosforylowaną grupę 5′-hydroksylową.
    Polimerazy (EC 2.7.7.6/7/19/48/49) – enzymy mające zdolność syntezy nici komplementarnej na matrycy pojedynczej nici kwasu nukleinowego. Polimerazy występują u wszystkich organizmów żywych.

    Reklama

    Czas generowania strony: 0.021 sek.