• Artykuły
  • Forum
  • Ciekawostki
  • Encyklopedia
  • DrugBank



    Podstrony: 1 [2] [3]
    Przeczytaj także...
    Format FASTA jest formatem zapisu sekwencji kwasów nukleinowych oraz białek używanym w bioinformatyce. Nukleotydy (dla DNA i RNA) oraz aminokwasy (dla białek) oznaczone są jednoliterowymi skrótami. Format FASTA uwzględnia również możliwość dodawania opisów i komentarzy do sekwencji.Agencja Żywności i Leków (ang. Food and Drug Administration, w skrócie FDA) – amerykańska agencja rządowa utworzona w 1906. Wchodzi w skład Departamentu Zdrowia i Usług Społecznych i jest odpowiedzialna za kontrolę żywności (dla ludzi i zwierząt), suplementów diety, leków (dla ludzi i zwierząt), kosmetyków, urządzeń medycznych i urządzeń emitujących promieniowanie (w tym także niemedycznych), materiałów biologicznych i preparatów krwiopochodnych w Stanach Zjednoczonych.

    DrugBank – ogólnodostępna i bezpłatna baza informacji o lekach, utworzona w 2006 roku przez zespół Craiga Knoxa i Davida Wisharta z Wydziału Informatyki i Nauk Biologicznych Uniwersytetu Alberty w Kanadzie. Łączy dane z dziedziny chemii, biochemii, genetyki, farmakologii i farmakokinetyki.

    Baza zawiera informacje o prawie 4800 lekach, w tym:

    Leki biologiczne – grupa leków ściśle związana z cząsteczkami biologicznie czynnymi naturalnie występującymi w organizmie człowieka, działających przez wpływ na mechanizmy przez nie mediowane.Uniwersytet Alberty (ang. University of Alberta) to uniwersytet działający w kanadyjskim mieście Edmonton, w prowincji Alberta. Ma 3200 wykładowców i ponad 35 tys. studentów.
  • ponad 1350 małocząsteczkowych leków dopuszczonych przez FDA,
  • 123 leki biologiczne (białka/peptydy) zatwierdzone przez FDA,
  • 71 nutraceutyków,
  • ponad 3243 substancji eksperymentalnych.
  • Ponadto w bazie znajduje się ponad 2500 sekwencji białek będącymi celami biologicznymi leków.

    Informacje w bazie DrugBank pochodzą głównie z 29 innych serwisów internetowych. Część informacji pochodzi z publikacji i podręczników.

    PMID (ang. PubMed Identifier, PubMed Unique Identifier) – unikatowy identyfikator przypisany do każdego artykułu naukowego bazy PubMed.Enzymy – wielkocząsteczkowe, w większości białkowe, katalizatory przyspieszające specyficzne reakcje chemiczne poprzez obniżenie ich energii aktywacji.

    Budowa bazy[ | edytuj kod]

    Leki w bazie podzielone są na kategorie:

  • Approved – leki zaaprobowane przez FDA, o udowodnionej skuteczności działania,
  • Biotech – leki otrzymywane metodami biotechnologicznymi (białka i peptydy),
  • Small Molecule – leki niebędące polimerami lub kopolimerami,
  • Nutraceutical – suplementy diety w formie farmaceutycznej,
  • Experimental – leki stosowane w badaniach eksperymentalnych,
  • Withdraw – leki wycofane z użycia w Kanadzie,
  • Illicit – substancje nielegalne lub których użycie jest ściśle kontrolowane w Kanadzie.
  • Informacje o lekach zebrane są w postaci karty leku (ang. DrugCard). Każda substancja posiada oddzielną kartę z przypisanym unikatowym identyfikatorem w formacie DBnumerkarty, np. DB00203 (Sildenafil). Karta leku zawiera 103 pola, podzielone na trzy części:

    SMILES (ang. Simplified Molecular Input Line Entry Specification) – sposób jednoznacznego zapisu struktury cząsteczek związków chemicznych z wykorzystaniem ciągu znaków ASCII.Sildenafil (ang. i INN sildenafil citrate, ATC: G04 BE03, nazwa handlowa oryginału: Viagra) – lek stosowany w leczeniu zaburzeń erekcji oraz w pierwotnym nadciśnieniu płucnym (w tym wskazaniu pod nazwą Revatio). Został on opatentowany w 1996 roku przez firmę Pfizer i wprowadzony po raz pierwszy na rynek w 1998 roku.
  • Drug Field (kolor niebieski) – pola dotyczące danego leku,
  • Target Field (kolor czerwony) – pola dotyczące białka docelowego,
  • Enzyme Field (kolor zielony) – pola dotyczące enzymu metabolizującego lek.
  • DrugBank umożliwia ściągnięcie:

  • sekwencji białek/genów w formacie FASTA,
  • wzorów strukturalnych wszystkich leków w formacie SDF,
  • wszystkich kart leków w jednym pliku tekstowym (o rozmiarze około 85 MB).


  • Podstrony: 1 [2] [3]




    Warto wiedzieć że... beta

    Allel – jedna z wersji genu w określonym miejscu (locus) na danym chromosomie homologicznym. Allele tego samego genu różnią się jednym lub kilkoma nukleotydami. Występowanie więcej niż jednej wersji danego genu określa się jako polimorfizm. Dzięki zdegenerowaniu kodu genetycznego tylko część tych różnic przekłada się na różnice w budowie kodowanych białek. Powoduje to zróżnicowanie właściwości cząsteczek białka kodowanego przez różne allele tego samego genu.
    Peptydy (gr. πεπτίδια, "strawne") – organiczne związki chemiczne, powstające przez połączenie cząsteczek aminokwasów wiązaniem peptydowym. Granica pomiędzy peptydem a białkiem nie jest dokładnie sprecyzowana, rozróżnienie jest oparte na masie cząsteczkowej klasyfikowanego związku. Za peptydy różni autorzy uważają poliaminokwasy o masie cząsteczkowej mniejszej od 5-10 tys. daltonów. Powyżej tej granicy związki takie zaliczamy do białek.
    Białka – wielkocząsteczkowe (masa cząsteczkowa od ok. 10 000 do kilku mln Daltonów) biopolimery, a właściwie biologiczne polikondensaty, zbudowane z reszt aminokwasów połączonych ze sobą wiązaniami peptydowymi -CONH-. Występują we wszystkich żywych organizmach oraz wirusach. Synteza białek odbywa się przy udziale specjalnych organelli komórkowych zwanych rybosomami.
    Metabolizm – całokształt reakcji chemicznych i związanych z nimi przemian energii zachodzących w żywych komórkach, stanowiący podstawę wszelkich zjawisk biologicznych. Procesy te pozwalają komórce na wzrost i rozmnażanie, zarządzanie swoją strukturą wewnętrzną oraz odpowiadanie na bodźce zewnętrzne.
    DOI (ang. digital object identifier – cyfrowy identyfikator dokumentu elektronicznego) – identyfikator dokumentu elektronicznego, który w odróżnieniu od identyfikatorów URL nie zależy od fizycznej lokalizacji dokumentu, lecz jest do niego na stałe przypisany.
    Farmakokinetyka jest dziedziną farmakologii opisującą zmiany stężenia leku lub jego metabolitów w ustroju w czasie. Procesy, którymi zajmuje się farmakokinetyka dotyczą losów leku w ustroju i są opisywane w systemie LADME. Farmakokinetyka rozpatruje te procesy względem czasu.
    Kanada (ang. i fr. Canada) – państwo położone w Ameryce Północnej, rozciągające się od Oceanu Atlantyckiego na wschodzie do Oceanu Spokojnego na zachodzie i Oceanu Arktycznego na północy. Na południu i północnym zachodzie graniczy ze Stanami Zjednoczonymi, granice morskie: na północy z Danią (Grenlandia) i na wschodzie z Francją (wyspy Saint-Pierre i Miquelon). Drugie państwo świata pod względem powierzchni (po Rosji) oraz 36. pod względem ludności. Kanada jest członkiem ONZ, NAFTA, Wspólnoty Narodów, Frankofonii, NATO, G8, APEC.

    Reklama

    Czas generowania strony: 0.022 sek.