• Artykuły
  • Forum
  • Ciekawostki
  • Encyklopedia
  • Degradacja Edmana

    Przeczytaj także...
    Tiomocznik (tiokarbamid, amid kwasu tiokarbaminowego) – organiczny związek chemiczny, będący siarkowym analogiem mocznika (zawiera atom siarki zamiast atomu tlenu) o wzorze półstrukturalnym: NH2-(C=S)-NH2 lub S=C=(NH2)2.Chromatografia (gr. χρῶμα (chrōma) = barwa + γράφω (graphō) = piszę) to technika analityczna lub preparatywna służąca do rozdzielania lub badania składu mieszanin związków chemicznych.
    Aminokwasy – organiczne związki chemiczne zawierające zasadową grupę aminową -NH2 oraz kwasową grupę karboksylową -COOH lub – w ujęciu ogólniejszym – dowolną grupę kwasową, np. sulfonową -SO3H. Aminokwasy są tzw. solami wewnętrznymi (amfolitami).

    Degradacja Edmana - metoda sekwencjonowania peptydów polegająca na kolejnym odrywaniu oznakowanych aminokwasów z N-końca cząsteczki peptydu. Opracowana w roku 1950 przez szwedzkiego biochemika Pehr Edman.

    Sumaryczny przebieg reakcji

    Degradację Edmana wykonuje się w dwóch etapach, zasadowym i kwasowym. Pierwszy etap to reakcja N-fenyloizotiocyjanianu z terminalną grupą aminową (-NH2), która w łagodnym środowisku alkalicznym występuje w formie obojętnej (niesprotonowanej). Otrzymany w ten sposób związek, pochodna tiomocznika, w następnym etapie w środowisku kwasu solnego ulega cyklizacji i rozpadowi do heterocyklicznego produktu degradacji nazywanego fenylotiohydantoinową pochodną aminokwasu (tzw. PTH-aminokwasu) oraz peptydu, krótszego o jeden aminokwas. Powstające PTH-aminokwasy są identyfikowane za pomocą chromatografii lub elektroforezy.

    Szwecja, Królestwo Szwecji (Sverige, Konungariket Sverige) – państwo w Europie Północnej, zaliczane do państw skandynawskich. Szwecja jest członkiem Unii Europejskiej od 1995 roku. Graniczy z Norwegią, Finlandią i Danią.PMID (ang. PubMed Identifier, PubMed Unique Identifier) – unikatowy identyfikator przypisany do każdego artykułu naukowego bazy PubMed.
    Mechanizm degradacji Edmana

    Maksymalna długość sekwencjonowanego peptydu to 50-60 aminokwasów (ze względu na nieilościowy przebieg reakcji). Sekwencjonowanie metodą Edmana może być wykonywane w sposób zautomatyzowany

    Przypisy[ | edytuj kod]

    1. Edman, P.. Method for Determination of the Amino Acid Sequence in Peptides.. „Acta Chem. Scand.”. 4, s. 283-293, 1950. DOI: 10.3891/acta.chem.scand.04-0283. 
    2. HD. Niall. Automated Edman degradation: The protein sequenator. „Methods Enzymol”. 27, s. 942-1010, 1973. DOI: 10.1016/S0076-6879(73)27039-8. PMID: 4773306. 
    Kwas solny (kwas chlorowodorowy) (HCl; pot. zajzajer od niem. Salzsäure) – nieorganiczny związek chemiczny z grupy kwasów beztlenowych, będący roztworem wodnym gazowego chlorowodoru. Czasami kwasem solnym nazywa się też roztwór chlorowodoru w innych rozpuszczalnikach polarnych np. w acetonie. Jest silnie żrący.Cyklizacja – reakcja chemiczna, w wyniku której związek acykliczny (łańcuchowy) przekształca się w związek cykliczny. Procesowi towarzyszy wytworzenie nowego wiązania chemicznego. Reakcje tego typu zachodzą najłatwiej, jeśli produktami są pierścienie 5-, 6- i 7-członowe. Cyklizacja zwykle dotyczy związków organicznych, a jej produktami mogą być m.in. związki aromatyczne, związki heterocykliczne, cykliczne imidy, laktony, laktamy i wiele innych.




    Warto wiedzieć że... beta

    Związki heterocykliczne – szeroka klasa pierścieniowych związków chemicznych, w których co najmniej jeden układ cykliczny zawiera jeden lub więcej atomów pierwiastków innych niż węgiel. Najczęściej spotykanymi pierwiastkami wchodzącymi w skład pierścieni są tlen, azot i siarka. Struktury te mogą obejmować zarówno układy aromatyczne jak i alicykliczne. Prostymi związkami heterocyklicznymi są pirydyna (C5H5N), pirymidyna (C4H4N2) oraz dioksan (C4H8O2).
    DOI (ang. digital object identifier – cyfrowy identyfikator dokumentu elektronicznego) – identyfikator dokumentu elektronicznego, który w odróżnieniu od identyfikatorów URL nie zależy od fizycznej lokalizacji dokumentu, lecz jest do niego na stałe przypisany.
    N-koniec (koniec aminowy) – koniec łańcucha polipeptydowego, zakończonego grupą aminową (−NH2 lub −NH+3). Na drugim końcu łańcucha, określanym jako C-koniec lub koniec karboksylowy, znajduje się grupa karboksylowa (−COO). Wyróżnianie końców łańcucha polipeptydowego określa ich kierunek. Aminokwasy występujące w łańcuchu zwyczajowo numeruje się zaczynając właśnie od końca aminowego.
    Elektroforeza – technika analityczna, rzadziej preparatywna, stosowana w chemii i biologii molekularnej, zwłaszcza w genetyce. Jej istotą jest rozdzielenie mieszaniny związków chemicznych na możliwie jednorodne frakcje przez wymuszanie wędrówki ich cząsteczek w polu elektrycznym.

    Reklama

    Czas generowania strony: 0.027 sek.