• Artykuły
  • Forum
  • Ciekawostki
  • Encyklopedia
  • DAPI

    Przeczytaj także...
    Długość fali – najmniejsza odległość pomiędzy dwoma punktami o tej samej fazie drgań (czyli pomiędzy dwoma powtarzającymi się fragmentami fali – zob. rysunek). Dwa punkty fali są w tej samej fazie, jeżeli wychylenie w obu punktach jest takie samo i oba znajdują się na etapie wzrostu (lub zmniejszania się). Jeżeli w jednym punkcie wychylenie zwiększa się a w drugim maleje, to punkty te znajdują się w fazach przeciwnych.Absorpcja – w optyce proces pochłaniania energii fali elektromagnetycznej przez substancję. Natężenie światła wiązki przechodzącej przez substancję ulega zmniejszeniu nie tylko w wyniku absorpcji, lecz również na skutek rozpraszania światła. O ile jednak promieniowanie rozproszone opuszcza ciało, to część zaabsorbowana zanika powodując wzrost energii wewnętrznej tego ciała.
    Kultury komórkowe - procesy prowadzone in vitro mające na celu utrzymanie przy życiu, ekspansję i wykorzystywanie komórek organizmów żywych. Mogą to być kultury zarówno prokariotyczne jak i eukariotyczne. Do pierwszych należą między innymi kultury bakterii i mykoplazm, do drugich - hodowle drożdży, pierwotniaków, komórek roślinnych i zwierzęcych, w tym ludzkich.

    DAPI (4',6-diamidyno-2-fenyloindol) – organiczny związek chemiczny, aromatyczna, heterocykliczna amina stosowana jako barwnik fluorescencyjny silnie wiążący się do DNA (dwuniciowego) na zasadzie interkalacji.

    Zastosowanie[]

    DAPI (fioletowy) związany z małą bruzdą podwójnej helisy DNA (zielony i niebieski).
    Jądra komórkowe wybarwione DAPI (niebieskie).

    Powszechnie używany do wybarwiania jąder komórkowych lub chromosomów (poprzez wizualizację DNA) w mikroskopii fluorescencyjnej. Ponieważ DAPI przenika przez nienaruszone błony biologiczne, może być używany do wybarwiania zarówno żywych komórek jak i utrwalonych.

    Emisja promieniowania to wysyłanie przez wzbudzony układ fizyczny (np. atom, jądro atomowe, ciało makroskopowe) energii w postaci promieniowania zarówno fal (np. światła, fal radiowych, dźwięku), jak i korpuskularnego (np. elektronów, cząstek α, fotonów).Fluorescencja – jeden z rodzajów luminescencji – zjawiska emitowania światła przez wzbudzony atom lub cząsteczkę. Zjawisko uznaje się za fluorescencję, gdy po zaniku czynnika pobudzającego następuje szybki zanik emisji w czasie około 10 s. Gdy czas zaniku jest znacznie dłuższy, to zjawisko jest uznawane za fosforescencję.

    W mikroskopii fluorescencyjnej DAPI jest wzbudzany światłem ultrafioletowym. Związany do DNA ma maksimum absorpcji przypadające na długość fali świetlnej równą 358 nm, a maksimum emisji przy 461 nm (kolor niebiesko-fioletowy). DAPI wiąże się także do RNA, aczkolwiek słabiej. Maksimum emisji DAPI związanego z RNA jest przesunięte do około 400 nm.

    Fluorofor - analogicznie do chromoforu, jest częścią cząsteczki, odpowiedzialną za jej fluorescencję. Najczęściej jest to grupa funkcyjna, zdolna do absorpcji energii o określonej długości fali, a później do wyemitowania innej długości fali (ściśle określonej). Ilość energii, jak i długość fali emitowanej zależy od właściwości fluorofora, ale też od środowiska chemicznego w jakim on działa (na przykład pH czy siły jonowej). Zależności te są podstawą w zastosowaniu fluoroforów w biochemii, na przykład immunofluorescencji.PMID (ang. PubMed Identifier, PubMed Unique Identifier) – unikatowy identyfikator przypisany do każdego artykułu naukowego bazy PubMed.

    Niebieska emisja DAPI jest bardzo wygodna w obrazowaniu fluorescencyjnym przy użyciu kilku różnych barwników jednocześnie, ponieważ nie pokrywa się ona z emisją innych popularnych fluoroforów (na przykład zielonym GFP czy fluoresceiną).

    Poza wybarwianiem jąder komórkowych, DAPI jest także używane do wykrywania mykoplazm lub wirusów (także na zasadzie wiązania ich DNA) w kulturach komórkowych.

    Ponieważ DAPI wiążę się bardzo ściśle z DNA na zasadzie interkalacji i tym samym zaburza jego strukturę, związek ten jest toksyczny i mutagenny. Przy pracy z DAPI powinno się zachować szczególną ostrożność.

    Mikroskop fluorescencyjny – mikroskop świetlny używany w badaniach substancji organicznych i nieorganicznych, którego działanie oparte jest na zjawisku fluorescencji i fosforescencji, zamiast, lub razem ze zjawiskami odbicia i absorpcji światła (co jest wykorzystane w klasycznym mikroskopie optycznym).Mutagen (łac. dokonujący zmiany) - każdy z czynników wywołujących mutacje, czyli zmieniający materiał genetyczny.

    Przypisy

    1. DAPI. Karta charakterystyki produktu Sigma-Aldrich (Merck KGaA) dla Polski.
    2. DAPI – podsumowanie (ang.). PubChem Public Chemical Database.
    3. P. Chandra, B. Mildner, O. Dann, A. Metz. Influence of 4'-6'-diamidino-2-phenylindole on the secondary structure and template activities of DNA and polydeoxynucleotides. „Molecular and Cellular Biochemistry”. 18 (2-3), s. 81-86, 1978. DOI: 10.1007/BF00280272. PMID: 604784. 
    4. J. Kreuter, E. Liehl. Protection induced by inactivated influenza virus vaccines with polymethylmethacrylate adjuvants. „Medical Microbiology and Immunology”. 165 (2), s. 111-117, 1978. DOI: 10.1007/BF02122746. PMID: 672773. 
    5. M.S. Lin, O. S. Alfi, G. N. Donnell. Differential fluorescence of sister chromatids with 4'-6-diamidino-2-phenylindole. „Canadian Journal of Genetics and Cytology”. 18 (3), s. 545-547, 1977. DOI: 10.1139/g76-068. PMID: 63310. 
    6. H. M. Hull, R. W. Hoshaw, J. C. Wang. Cytofluorometric determination of nuclear DNA in living and preserved algae. „Stain Technology”. 57 (5), s. 273-282, 1983. DOI: 10.3109/10520298209066723. PMID: 6758206. 
    7. G. Manzini, L. Xodo, M. L. Barcellona, F. Quadrifoglio. Interaction of DAPI with double-stranded ribonucleic acids. „Nucleic Acids Research”. 13 (24), s. 8955-8967, 1986. DOI: 10.1093/nar/13.24.8955. PMID: 4080554. PMCID: PMC318964. 
    8. M. Jagielski, M. Zaleska, S. Kaluzewski, I. Polna. Ocena przydatności DAPI do wykrywania mykoplazm w hodowlach komórkowych. „Medycyna Doświadczalna i Mikrobiologia”. 28 (2), s. 161-173, 1976. PMID: 775226. 
    9. B. Mildner, P. Chandra. [Molecular mechanism of action of diamidinephenylindole (DAPI). II. Effect of DAPI on the template activity of DNA and polydeoxynucleotides in the DNA-polymerase system from bacteria, eukaryotic cells and RNA tumor viruses]. „Cell Mol Biol Incl Cyto Enzymol”. 25 (6), s. 399-407, 1980. PMID: 94275 (niem.). 
    Interkalacja – zjawisko wiązania niewielkich cząsteczek, wewnątrz cząsteczek związków wielkocząsteczkowych lub wewnątrz struktur ponadcząsteczkowych zbudowanych z cząsteczek związanych ze sobą np. wiązaniami wodorowymi, czy oddziaływaniami van der Waalsa.Jądro komórkowe, nukleus - otoczone błoną organellum obecne we wszystkich komórkach eukariotycznych, z wyjątkiem tych, które wtórnie je utraciły w trakcie różnicowania, np. dojrzałe erytrocyty ssaków. Zawiera większość materiału genetycznego komórki, zorganizowanego w postaci wielu pojedynczych, długich nici DNA związanych z dużą ilością białek, głównie histonowych, które razem tworzą chromosomy. Geny zlokalizowane w chromosomach stanowią genom komórki. Funkcją jądra komórkowego jest przechowywanie i powielanie informacji genetycznej oraz kontrolowanie czynności komórki, poprzez regulowanie ekspresji genów. Główne struktury, które obecne są w budowie jądra komórkowego to błona jądrowa, podwójna membrana otaczająca całe organellum i oddzielająca je od cytoplazmy oraz blaszka jądrowa, sieć delikatnych włókienek białkowych utworzonych przez laminy, stanowiących rusztowanie dla jądra i nadających mu wytrzymałość mechaniczną. Błona jądrowa jest nieprzepuszczalna dla większości cząsteczek, dlatego obecne są w niej pory jądrowe. Są to kanały przechodzące przez obie błony, umożliwiające transport jonów i innych cząstek. Transport większych cząstek, takich jak białka, jest ściśle kontrolowany i zachodzi na zasadzie transportu aktywnego, kontrolowanego przez białka transportowe. Transport jądrowy jest kluczowy dla funkcjonowania komórki, ponieważ przemieszczanie cząstek poprzez błonę jądrową wymagane jest zarówno przy zarządzaniu ekspresją genów oraz utrzymywaniu chromosomów.



    w oparciu o Wikipedię (licencja GFDL, CC-BY-SA 3.0, autorzy, historia, edycja)

    Warto wiedzieć że... beta

    Chromosom – forma organizacji materiału genetycznego wewnątrz komórki. Nazwa pochodzi z greki, gdzie χρῶμα (chroma, kolor) i σῶμα (soma, ciało). Chromosomy rozróżniano poprzez wybarwienie. Pierwszy raz terminu tego użył Heinrich Wilhelm Waldeyer w roku 1888.
    Nanometr (symbol: nm) – podwielokrotność metra, podstawowej jednostki długości w układzie SI. Jest to jedna miliardowa metra czyli jedna milionowa milimetra. Jeden nanometr równa się zatem 10 m. W notacji naukowej można go zapisać jako 1 E-9 m oznaczający 0,000 000 001 × 1 m. Rzadko stosowana jest również stara nazwa milimikron.
    Merck KGaA (Niemiecki Merck, Merck Darmstadt) założona w Niemczech firma farmaceutyczna i chemiczna z główną siedzibą zlokalizowaną w Darmstadt, uważana za najstarszą działającą firmę z tej branży.
    Substancje barwiące – substancje nadające barwę innej substancji pozbawionej barwy (przezroczystej, białej lub szarej), lub też zmieniające barwę substancji posiadającej już jakąś barwę. Można je podzielić na pigmenty, laki i barwniki. Pigmenty są nierozpuszczalnymi kryształami wymagającymi procesu dyspersji w celu ich użycia do barwienia substancji. Barwniki są substancjami rozpuszczalnymi. Barwniki są łatwe w użyciu niemniej jednak ich odporności są mniejsze od pigmentów. Barwniki są transparentne, pigmenty są różne - część jest kryjąca, część transparentna.
    Związki aromatyczne – związki organiczne posiadające w cząsteczce zdelokalizowane elektrony π, tworzące tzw. układ aromatyczny. Zapewnia on cząsteczce dużo większą trwałość niż należałoby oczekiwać dla związku zawierającego wiązania podwójne.
    Kwasy rybonukleinowe, RNA – organiczne związki chemiczne z grupy kwasów nukleinowych, zbudowane z rybonukleotydów połączonych wiązaniami fosfodiestrowymi. Z chemicznego punktu widzenia są polimerami kondensacyjnymi rybonukleotydów. Występują w jądrach komórkowych i cytoplazmie, często wchodząc w skład nukleoprotein. Znanych jest wiele klas kwasów rybonukleinowych o zróżnicowanej wielkości i strukturze, pełniących rozmaite funkcje biologiczne. Zarówno struktura, jak i funkcja RNA jest silnie uzależniona od sekwencji nukleotydów, z których zbudowana jest dana cząsteczka.
    Białko zielonej fluorescencji (ang. green fluorescent protein, GFP) – naturalnie występujące białko wykazujące fluorescencję.

    Reklama