Baza danych sekwencji

Z Wikipedii, wolnej encyklopedii
Przejdź do nawigacji Przejdź do wyszukiwania

Baza danych sekwencji – stosowana w bioinformatyce obszerna baza danych sekwencji monomerów występujących w DNA, RNA, białkach i innych biopolimerach.

Monomery – cząsteczki tego samego lub kilku różnych związków chemicznych o stosunkowo niedużej masie cząsteczkowej, z których w wyniku reakcji polimeryzacji, mogą powstawać różnej długości polimery. Fragmenty monomerów w strukturze polimeru noszą nazwę merów.Bioinformatyka to dyscyplina zajmująca się stosowaniem narzędzi matematycznych i informatycznych do rozwiązywania problemów z nauk biologicznych. Z bioinformatyką powiązane są: genomika, proteomika, metabolomika, transkryptomika i konektomika.

Dostęp do tych baz danych jest różnorodny, jedne są płatne, a inne są dostępne dla każdego całkowicie bezpłatnie. Jedną z większych baz sekwencji jest GenBank.

Biopolimery - polimery występujące naturalnie w organizmach żywych, które są przez nie produkowane. Znaczna część związków organicznych występujących w tych organizmach to właśnie biopolimery. Wchodzą w skład komórek, są też budulcem w obszarach międzykomórkowych. Szczególnie ważną rolę pełnią biopolimery, które mają wiele grup funkcyjnych.Kwasy rybonukleinowe, RNA – organiczne związki chemiczne z grupy kwasów nukleinowych, zbudowane z rybonukleotydów połączonych wiązaniami fosfodiestrowymi. Z chemicznego punktu widzenia są polimerami kondensacyjnymi rybonukleotydów. Występują w jądrach komórkowych i cytoplazmie, często wchodząc w skład nukleoprotein. Znanych jest wiele klas kwasów rybonukleinowych o zróżnicowanej wielkości i strukturze, pełniących rozmaite funkcje biologiczne. Zarówno struktura, jak i funkcja RNA jest silnie uzależniona od sekwencji nukleotydów, z których zbudowana jest dana cząsteczka.

Zobacz też[ | edytuj kod]

  • FASTA format
  • BLAST
  • Linki zewnętrzne[ | edytuj kod]

  • Opis baz danych Europejskiego Instytutu Bioinfromatyki
  • Lista całkowicie poznanych genomów w bazie NCBI
  • Baza genomu drożdży (sacharomyces) udostępniona przez Uniwersytet Stanforda
  • Drożdże (Saccharomyces Meyen ex E.C. Hansen) – rodzaj grzybów jednokomórkowych z rodziny drożdżakowatych (Saccharomycetaceae).Baza danych – zbiór danych zapisanych zgodnie z określonymi regułami. W węższym znaczeniu obejmuje dane cyfrowe gromadzone zgodnie z zasadami przyjętymi dla danego programu komputerowego specjalizowanego do gromadzenia i przetwarzania tych danych. Program taki (często pakiet programów) nazywany jest „systemem zarządzania bazą danych” (ang. database management system, DBMS).




    Warto wiedzieć że... beta

    Kwas deoksyrybonukleinowy (dawn. kwas dezoksyrybonukleinowy; akronim: DNA, z ang. deoxyribonucleic acid) – wielkocząsteczkowy organiczny związek chemiczny należący do kwasów nukleinowych. U eukariontów zlokalizowany jest przede wszystkim w jądrach komórek, u prokariontów bezpośrednio w cytoplazmie, natomiast u wirusów w kapsydach. Pełni rolę nośnika informacji genetycznej organizmów żywych.
    Białka – wielkocząsteczkowe (masa cząsteczkowa od ok. 10 000 do kilku mln Daltonów) biopolimery, a właściwie biologiczne polikondensaty, zbudowane z reszt aminokwasów połączonych ze sobą wiązaniami peptydowymi -CONH-. Występują we wszystkich żywych organizmach oraz wirusach. Synteza białek odbywa się przy udziale specjalnych organelli komórkowych zwanych rybosomami.
    GenBank - otwarta i dostępna w Internecie amerykańska, bioinformatyczna baza danych zawierająca zbiór genowych sekwencji nukleotydowych. GenBank, wraz z instytucjami współpracującymi zbiera poznawane sekwencje z laboratoriów całego świata. Zawiera dane dotyczące ponad 100 tys. różnych organizmów. Baza rośnie wykładniczo, podwajając swoje zasoby co 10 miesięcy. GenBank przyjmuje także dane z poszczególnych laboratoriów jak i depozyty informacyjne z wielkoskalowych centrów sekwencyjnych.

    Reklama