• Artykuły
  • Forum
  • Ciekawostki
  • Encyklopedia
  • Anton - superkomputer

    Przeczytaj także...
    Szybka transformacja Fouriera (ang. FFT od Fast Fourier Transform) to algorytm liczenia dyskretnej transformaty Fouriera oraz transformaty do niej odwrotnej.Atom – podstawowy składnik materii. Składa się z małego dodatnio naładowanego jądra o dużej gęstości i otaczającej go chmury elektronowej o ujemnym ładunku elektrycznym.
    Tablica systoliczna to w automatyce układ przetwarzający o regularnej, modularnej strukturze zbudowany z prostych modułów; jednostek przetwarzających; synchronicznie wykonujących elementarne operacje.
    Superkomputer Anton

    Antonsuperkomputer zbudowany w D. E. Shaw Research w 2008 roku do symulacji dynamiki białek i innych makromolekuł. Potrafi wiernie symulować układy 100 tys. atomów z wydajnością 5,5 mikrosekundy/dobę.

    Jego nazwa honoruje holenderskiego przyrodnika Antonie van Leeuwenhoek, który jako pierwszy zaobserwował bakterie pod mikroskopem.

    Budowa[ | edytuj kod]

    Anton jest zbudowany z 512 wielordzeniowych procesorów ASIC, połączonych w sieć o topologii trójwymiarowego torusa. Każdy procesor posiada własną pamięć DRAM i komunikuje się ze swoimi 6 sąsiadami przez łącza o przepustowości 600 Gbit/s i opóźnieniu 50ns.

    Wiązanie chemiczne według klasycznej definicji to każde trwałe połączenie dwóch atomów. Wiązania chemiczne powstają na skutek uwspólnienia dwóch lub większej liczby elektronów pochodzących bądź z jednego, bądź z obu łączących się atomów lub przeskoku jednego lub większej liczby elektronów z jednego atomu na drugi i utworzenia w wyniku tego tzw. pary jonowej.Association for Computing Machinery (ACM) to największa na świecie społeczność ludzi nauki, nauczycieli i profesjonalistów zajmujących się informatyką. Nazwa w tłumaczeniu na język polski to Stowarzyszenie dla Maszyn Liczących.

    Każdy z 512 procesorów zawiera dwa podsystemy. Główny podsystem HTIS służy do symulacji oddziaływań elektrostatycznych i van der Waalsa. Składa się z 32 rdzeni połączonych w tablicę systoliczną. Pozostałe obliczenia, w tym wyliczanie sił wiązań chemicznych i wykonywanie FFT do oddziaływań dalekiego zasięgu, są wykonywane przez elastyczny podsystem, zawierający cztery uniwersalne rdzenie Tensilica (wyposażone w pamięć cache) i osiem programowalnych rdzeni SIMD.

    Pamięć dynamiczna, DRAM (ang. Dynamic Random Access Memory) – rodzaj ulotnej pamięci półprzewodnikowej RAM, która przechowuje każdy bit danych w oddzielnym kondensatorze wewnątrz układu scalonego. Poszczególne jej elementy zbudowane są z tranzystorów MOS, z których jeden pełni funkcję kondensatora, a drugi elementu separującego.Makromolekuła (makrocząsteczka, makrodrobina) - cząsteczka chemiczna (molekuła) złożona z więcej niż około 1000 atomów. Makromolekuła często powstaje z połączenia jednego lub kilku rodzajów jednostek podstawowych, tzw. merów, tworząc strukturę substancji polimerowych.

    Przypisy[ | edytuj kod]

    1. National Resource for Biomedical Supercomputing. [dostęp 14 maja 2010].
    2. John Markoff: Herculean Device for Molecular Mysteries. NY Times, 8 lipca, 2008. [dostęp 25 kwietnia, 2010].
    3. David E. Shaw, Martin M. Deneroff, Ron O. Dror, Jeffrey S. Kuskin, Richard H. Larson, John K. Salmon, Cliff Young, Brannon Batson, Kevin J. Bowers, Jack C. Chao, Michael P. Eastwood, Joseph Gagliardo, J.P. Grossman, C. Richard Ho, Douglas J. Ierardi, István Kolossváry, John L. Klepeis, Timothy Layman, Christine McLeavey, Mark A. Moraes, Rolf Mueller, Edward C. Priest, Yibing Shan, Jochen Spengler, Michael Theobald, Brian Towles, and Stanley C. Wang. Anton, A Special-Purpose Machine for Molecular Dynamics Simulation. „Communications of the ACM”. 51 (7), s. 91–97, July 2008. ACM. DOI: 10.1145/1364782.1364802. 
    4. Cliff Young, Joseph A Bank. Ron O. Dror, J. P. Grossman, John K. Salmon, and Shaw, David E.. A 32x32x32, spatially distributed 3D FFT in four microseconds on Anton. „SC '09: Proceedings of the Conference on High Performance Computing Networking, Storage and Analysis”, s. 1–11, 2009. Portland, Oregon: ACM. DOI: 10.1145/1654059.1654083. 
    5. Richard H. Larson, John K. Salmon, Ron O. Dror, Martin M. Deneroff, Cliff Young, J.P. Grossman, Yibing Shan, John L. Klepeis, and David E. Shaw. High-Throughput Pairwise Point Interactions in Anton, a Specialized Machine for Molecular Dynamics Simulation. „Proceedings of the 14th Annual International Symposium on High-Performance Computer Architecture (HPCA '08), Salt Lake City, Utah, 16 lutego–20, 2008”, 2009. IEEE. 
    6. Jeffrey S. Kuskin, Cliff Young, J.P. Grossman, Brannon Batson, Martin M. Deneroff, Ron O. Dror, and David E. Shaw. Incorporating Flexibility in Anton, a Specialized Machine for Molecular Dynamics Simulation. „Proceedings of the 14th Annual International Symposium on High-Performance Computer Architecture (HPCA '08), Salt Lake City, Utah, 16 lutego–20, 2008”, 2009. IEEE. 

    Linki zewnętrzne[ | edytuj kod]

  • Superkomputer Anton – mistrz zaginania białek Artykuł na stronach Kopalni Wiedzy.
  • Strona domowa D. E. Shaw Research (ang.)
  • Bakterie (łac. bacteria, od gr. bakterion – pałeczka) – grupa mikroorganizmów, stanowiących osobne królestwo. Są to jednokomórkowce lub zespoły komórek o budowie prokariotycznej. Badaniem bakterii zajmuje się bakteriologia, gałąź mikrobiologii.Oddziaływanie elektrostatyczne – wzajemne oddziaływanie ciał (np. cząsteczek) posiadających ładunek elektryczny, np. 2 jonów lub jonu.



    w oparciu o Wikipedię (licencja GFDL, CC-BY-SA 3.0, autorzy, historia, edycja)

    Warto wiedzieć że... beta

    Mikroskop (stgr. μικρός mikros – "mały" i σκοπέω skopeo – "patrzę, obserwuję") – urządzenie służące do obserwacji małych obiektów, zwykle niewidocznych gołym okiem, albo przyjrzenia się subtelnym detalom obiektów małych, aczkolwiek widocznych nieuzbrojonym okiem. Mikroskop pozwala spojrzeć w głąb mikroświata.
    SIMD (ang. Single Instruction, Multiple Data) – jeden z podstawowych rodzajów architektur komputerowych według taksonomii Flynna, obejmujący systemy, w których przetwarzanych jest wiele strumieni danych w oparciu o pojedynczy strumień rozkazów. Architektura SIMD jest charakterystyczna dla komputerów wektorowych.
    IEEE (ang. Institute of Electrical and Electronics Engineers – Instytut Inżynierów Elektryków i Elektroników, wymowa: ‘Eye-triple-E’) – organizacja typu non-profit skupiająca profesjonalistów. Powstała z konsolidacji grup AIEE oraz IRE w 1963 roku. Jednym z podstawowych jej zadań jest ustalanie standardów konstrukcji, pomiarów itp. dla urządzeń elektronicznych, w tym standardów dla urządzeń i formatów komputerowych.
    Pamięć podręczna (ang. cache) – mechanizm, w którym część spośród danych zgromadzonych w źródłach o długim czasie dostępu i niższej przepustowości jest dodatkowo przechowywana w pamięci o lepszych parametrach. Ma to na celu poprawę szybkości dostępu do tych informacji, które przypuszczalnie będą potrzebne w najbliższej przyszłości.
    Białka – wielkocząsteczkowe (masa cząsteczkowa od ok. 10 000 do kilku mln Daltonów) biopolimery, a właściwie biologiczne polikondensaty, zbudowane z reszt aminokwasów połączonych ze sobą wiązaniami peptydowymi -CONH-. Występują we wszystkich żywych organizmach oraz wirusach. Synteza białek odbywa się przy udziale specjalnych organelli komórkowych zwanych rybosomami.
    ASIC (ang. Application Specific Integrated Circuit) – typ elektronicznych układów scalonych zaprojektowanych do realizacji z góry ściśle określonego zadania.
    DOI (ang. digital object identifier – cyfrowy identyfikator dokumentu elektronicznego) – identyfikator dokumentu elektronicznego, który w odróżnieniu od identyfikatorów URL nie zależy od fizycznej lokalizacji dokumentu, lecz jest do niego na stałe przypisany.

    Reklama

    Czas generowania strony: 0.021 sek.